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Entry information : AtrPrx13(AmTr_v1.0_scaffold00589.2)
Entry ID 1213
Creation 2005-06-13 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2005-06-13 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2020-11-11 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: AtrPrx13(AmTr_v1.0_scaffold00589.2)
Name AtrPrx13(AmTr_v1.0_scaffold00589.2)
Class Class III peroxidase     [Orthogroup: Prx008]*
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Amborellaceae Amborella
Organism Amborella trichopoda    [TaxId: 13333 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type Flower buds
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value AtrPrx13
start..stop		 S start..stop
GbPrx09 410 3.25e-145 6..315 9..316
LePrx71 404 1.22e-142 1..315 4..317
AtrPrx57 403 2.63e-142 1..315 1..313
ShPrx06-1B 402 6.77e-142 3..315 7..320
Literature and cross-references AtrPrx13(AmTr_v1.0_scaffold00589.2)
Literature dePamphilis,C., Carlson,J., Ma,H., Soltis,D., Soltis,P.,Oppenheimer,D., Frohlich,M., Doyle,J., Tanksley,S., Webb,M., Leebens-Mack,J., Landherr,L., Ilut,D. and Wall,K.
unpublished (2003)
EST ref. GenBank:   CV003014 [5' end]  CV000668 [Fragment]
Protein sequence: AtrPrx13(AmTr_v1.0_scaffold00589.2)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   315 (296)
PWM (Da):   %s   33908.21 (31870.2) Transmb domain:   %s   i7-29o
PI (pH):   %s   8.29 (8.35) Peptide Signal:   %s   cut: 20 range:20-315
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
*.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MGISYCIFVV AFLYTGAMAY ANLSPNFYAS SCPDLLSTVQ DVVCDAVSKE TRAAASLLRL HFHDCFVQGC DASVLLDDTS TFTGEKTARP NAGSLRRFDI IDEIKKQVEC ICPGVVSCAD  ILALAARDSV VALGGPTWTV PLGRRDSKTA SLRLANSDIA PGSFNLGQLI SNFAKQGLNL KDLVVLSGAH TIGLARCVTF RGRIYNDTNI NPSFARALQR KCPRVGNNNT LQQLDLVTPD 
IFDNSYYKNL QCLKGLLHSD QALLNGGSAD SLSKTYAADT KTFFADFAQS MIKMGNIKVL TGSQGEVRTN CRKVN 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from geneomic and 2 ESTs which confirmed the prediction. Incorrect prediction from Phytozome (Exons 1 and 2 were not predicted due to large intron. From early female flower buds
DNA ►
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGGCATTA GTTATTGCAT CTTTGTTGTG GCCTTTCTGT ATACGGGGGC CATGGCCTAT GCAAATCTCT CTCCAAATTT CTATGCATCT TCATGCCCTG ATCTACTCTC TACAGTTCAA  GATGTGGTCT GCGATGCTGT GAGCAAGGAA ACGCGTGCTG CTGCATCTTT GCTTCGCCTC CATTTCCACG ATTGTTTTGT CCAAGCAAGT TACTTTACCC TTTTATATTA TGTGTGTTTT  TGGTAACTTT TGCTGCCGTC TTCTTTCAAA ATGGCATGAT TTTCCTTCTG TTTCTAATTA TTGTTGTGGT TTCTTTTCAA TGTCTAATAC CGTTTAAGGG GTTTAAACGA TTTACAAAAC  CATTAAAGAA GTCCCCATTG ATTTTGATTT TGGAGGGAAT ATTAATTTCA TTATACTTGA GTACCTCATC ATTGCCAAAT GCCTAATTGC TACCTCATCA TTGCCAAATG CCTAATTGCT  CCTCTCCAAG TGGATAATTC TAAACTAATT CAGGCATTTT AGTAATTCAA CTCACCAGCC AAATAATGAG GGTGGGTCAA TGTAGTGAAT TTTCCCTACT TTTTCTAGAT TCACCACTCT  GAATGTAAGC AAATTAAGCA TTTTAAAATA TTTTTTGAGA AGATACTTAG GTGAAATGAA AACTAGAAGG TCAAAAATCT AACATTAATT GCCAACTTTT GAACCCCCAT GGTTTTTTTA  GGAGTTTGAA CCCTTAAATT ATATTTCCAC AAAACAATTT CCATAAAATT TTCCAAGAGT TCTGTTTTTA TTTGGTAAAC GAACTTCCCA AGAGTTCTAC ATCCAATTTA GATTCGATCT  TGGTCCCCTA TAGTTTTGTA TGAGGTTTTG TAAAATTTAA GGTTTATTTT TAATAATTTT TTAAAAAATA ATTTCATAAT TTCTCAAAAA AAAAAAACCA CTAAAATTTA TACCCAAAGG  TCTTCCTGTT CCTCTAATTT CTCAAATTCA AATGAGTTCG CTTTCTAGCT GACCACTAAG GAAGCATCTT AACACGTGCA ATATAAGATG CACGAGTACG AAAGCAATAA AATAAATAAA  GCAAAGTCGA ATTTAGGCCA CCCATTCAAT ATCACAATTC TTTCATTTAA TTTATAAGAA GACCATGGGA GTTTAATCTC CTTAAATAAA TTTAATGTAA TTTGTATGAA CAGGGCTGTG  ATGCGTCCGT ACTGCTTGAC GACACTTCAA CATTTACTGG AGAGAAGACC GCGCGTCCAA ATGCGGGTTC ACTGCGCAGG TTCGACATTA TTGATGAGAT AAAAAAGCAG GTGGAATGCA  TCTGCCCTGG TGTCGTCTCT TGTGCTGATA TACTCGCCCT TGCTGCACGT GACTCTGTAG TTGCGGTAAG ATAAATGCAA GAGAGGGAGA TCCCTATTTC AATAGACATT GGTTGAAATT  ATCATTTTTT GAGATTTTTA GTCCGAAAAA TATATTTTTC ATATTGGAGA ATTAAAAAAA TAAATAAATA AATAAATAAG ACGGTTTTTT TTCGGTACAA GGATGTCAAA ATCAACCTAG  GTAATTGGTT GAAAAAGTTT ATATAAGGTT GTGACTTTAA AATGTAGAAT TACATATGGA CCTCAAAAAT CTATAGGAAA TGATTGTTTT AATATTGAAA AAGTTTTTAA TAGATGATCT  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CTCATGTTCT TTTAATATTT TAGGGCCAAA AGTTCATGTG CTGGACTCTG ATTGGCCAAG TAACAACTCG CCTCCAGGCG AGTCCCAGCA CAATGCTCTA AATTAAAAAA AGATTTATAG  CACAAAACAT GCTCCAAATC AATTCCCCAT CCACCACTGA CATTAGATGG ACCATCAGAT CTAGGATGGT TCAAGAGTTC AAATTAATTT TTTCTCCCAA AATTTGACTA AATCGGGAGA  TTTTTTAAAG TTCTACTCAT AAAAACCAAA GTTAGTACCT AAACCGCAGT ACCGAATTTG ACAGTTTGGT TCCTCAGGAC CAACATTTAT GCAAAAGTGG GAAACCAAAA CCATAATGAA  CTGTTGTAGA CCATATATAA TGTTCTATTC CTAAGCAATA AATGAGGCTA ACAGAATAAA TGTGTGTTTT TTAATGATTA AGTTAGGTGG GCCTACATGG ACAGTGCCTC TAGGCAGGCG  TGACTCAAAA ACTGCAAGTC TGAGGTTGGC CAACAGTGAT ATCGCACCAG GGTCCTTCAA TCTCGGTCAA CTTATTTCAA ATTTCGCTAA ACAAGGGCTT AATCTAAAAG ATTTGGTGGT  TTTATCAGGT GCTAATTCTT TCTCTTTCTT TTTTTTTTTC TCGATGAGTA AGTGAAGAAA GGTCCCTTAC GGTTGGTAGA AATTGAGCCT ACGACGTAGC GTTGTAAATC ATCAAGCGCT  AATCAATTAA GCCCAAGCTC TTTTCTTAAA ATTTTTAGGC ATTTCAGTGG GGAAGACATG CCCCTGTTCA TTTTTTTTAA AATAATTTAG GATTTTTTTA AAAAATTATC AATGGAAATG  AAAACAACGA CATGGTGACT GAGAACTTCC TTCTCTTCTT GCCATTCAAA TATTGCATTT GCTAAAGCTT TCAAGATTTT TACAAATTTG GCATTTAATT GCGGCTTAGT GGCTTTTTTG  TCGATTCAGG CGAAGAAGAT CAAGCATTAG AACTTTGAAT TTTGTCCCAA AAAACCCTTA CAAATTAACT TAGCATTGTA CCCTAGGCTA AAATTTTGTT CTAGACATTA GTTTGTGTTC  AGGGAGGTCA AGGGTTAAAG TCCTTGAAGT TAGTCTTAAA AAAGCCCAAA AAGGCTGATG TAGCCTCTTT CTCTTTTTCT TTTTTCTTTT TTTTTTGGTT TTTTAACTCA AAATTTGTAT  TTTATTCTTT ATTACCTACT ATACGCCTAT GCAAAAAAAA GTTACCAATA AGGGTATCAA GTATCTAAAA TATCTATATT AAAGAATTAC TCAACGAGAT GGAATAAGCT AACAAAACCC  GCTATGAAAG TTTTTCAACA ACCATAGTGC TCTTCCTATC ACAGGGGCTC ATACAATTGG TCTAGCTCGA TGCGTCACTT TCCGAGGCCG AATCTATAAT GACACCAACA TAAACCCGTC  TTTTGCAAGG GCCCTGCAAC GGAAGTGCCC ACGAGTCGGG AACAACAACA CTCTTCAACA ACTCGACCTC GTGACACCAG ACATATTCGA TAACTCGTAT TATAAGAATT TACAGTGCTT  GAAGGGGCTT CTCCACTCTG ACCAAGCACT CCTCAATGGA GGTTCTGCAG ATTCTCTAAG CAAAACCTAT GCTGCTGACA CTAAAACTTT CTTTGCAGAT TTTGCGCAAT CTATGATTAA 
GATGGGGAAC ATTAAGGTTC TCACAGGTTC TCAGGGTGAG GTTAGGACCA ATTGCAGGAA GGTCAATTGA 

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGGCATTA GTTATTGCAT CTTTGTTGTG GCCTTTCTGT ATACGGGGGC CATGGCCTAT GCAAATCTCT CTCCAAATTT CTATGCATCT TCATGCCCTG ATCTACTCTC TACAGTTCAA  GATGTGGTCT GCGATGCTGT GAGCAAGGAA ACGCGTGCTG CTGCATCTTT GCTTCGCCTC CATTTCCACG ATTGTTTTGT CCAAGGCTGT GATGCGTCCG TACTGCTTGA CGACACTTCA  ACATTTACTG GAGAGAAGAC CGCGCGTCCA AATGCGGGTT CACTGCGCAG GTTCGACATT ATTGATGAGA TAAAAAAGCA GGTGGAATGC ATCTGCCCTG GTGTCGTCTC TTGTGCTGAT  ATACTCGCCC TTGCTGCACG TGACTCTGTA GTTGCGTTAG GTGGGCCTAC ATGGACAGTG CCTCTAGGCA GGCGTGACTC AAAAACTGCA AGTCTGAGGT TGGCCAACAG TGATATCGCA  CCAGGGTCCT TCAATCTCGG TCAACTTATT TCAAATTTCG CTAAACAAGG GCTTAATCTA AAAGATTTGG TGGTTTTATC AGGGGCTCAT ACAATTGGTC TAGCTCGATG CGTCACTTTC  CGAGGCCGAA TCTATAATGA CACCAACATA AACCCGTCTT TTGCAAGGGC CCTGCAACGG AAGTGCCCAC GAGTCGGGAA CAACAACACT CTTCAACAAC TCGACCTCGT GACACCAGAC  ATATTCGATA ACTCGTATTA TAAGAATTTA CAGTGCTTGA AGGGGCTTCT CCACTCTGAC CAAGCACTCC TCAATGGAGG TTCTGCAGAT TCTCTAAGCA AAACCTATGC TGCTGACACT 
AAAACTTTCT TTGCAGATTT TGCGCAATCT ATGATTAAGA TGGGGAACAT TAAGGTTCTC ACAGGTTCTC AGGGTGAGGT TAGGACCAAT TGCAGGAAGG TCAATTGA 

Retrieve as FASTA