Entry information : CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Entry ID 12952
Creation 2014-09-09 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-02-16 (Achraf Jemmat)
Sequence status complete
Reviewer Christophe Dunand
Last annotation changes 2016-06-08 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Name (synonym) CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Class Ascorbate peroxidase    [Orthogroup: APx2002]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Charophyceae Characeae Chara
Organism Chara braunii    [TaxId: 69332 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value CbraAPx01
start..stop
S start..stop
CvuAPx05 613 0 114..434 1..352
NhyAPx05 544 0 1..433 1..461
NhyAPx02 541 0 1..433 1..460
RobtAPx04 453 7.42e-160 118..434 4..337
Gene structure Fichierperl './assets/cgi-bin/draw_exon.pl' '12952' 'complement(join(1538406..1538564,1546940..1547041,1548185..1548289,1551162..1551239,1552199..1552273,1555675..1555761,1557001..1557068,1559773..1559860,1564009..1564137,1565602..1565769,1581041..1581298))' Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 1581041..1581298 256 N° 2 1565602..1565769 166 N° 3 1564009..1564137 127 N° 4 1559773..1559860 86
N° 5 1557001..1557068 66 N° 6 1555675..1555761 85 N° 7 1552199..1552273 73 N° 8 1551162..1551239 76
N° 9 1548185..1548289 103 N° 10 1546940..1547041 100 N° 11 1538406..1538564 157  
complement(join(1538406..1538564,1546940..1547041,1548185..1548289,1551162..1551 239,1552199..1552273,1555675..1555761,1557001..1557068,1559773..1559860,1564009. .1564137,1565602..1565769,1581041..1581298))


exon

Literature and cross-references CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Protein sequence: CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   438 (328)
PWM (Da):   %s   47358.13 (35027.0) Transmb domain:   %s   o414-436i
PI (pH):   %s   8.71 (9.39) Peptide Signal:   %s   cut: 28 range:28-355
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MAAIAAQGASLCKSTTLATLSSAGAGDGGETCQRGRLTRGVQGNDVFQARSAVRSGSADERAPRVRSLLPQLPPRRRKFSSQFLPSISRQELRAKQKSSKRGNGIVSPCASAEAIGVRVE
QLRGAREALKEIIQSKYCNPILVRLGWHDSGTYNKEIQEWPTAGGATASIRFKPEIDHGANAGERVAGGPKIPMRYGRLDASSPEFCAPDGNLPDAAPPSPADHLRKVFYRMGLNDKDIV
ALSGAHTIGRSRPDRSGFGKESTKYTKDGPGAPGGQSWTPEWLVFDNSYFKEVKAKRDEDLLVLPTDAALFEDEGFKAYAEKYAEDQEAFFRDYAESHAKLSELGCKFDPPEGIVIDEPA
SAADSGFEKFVAAKYSAEAAKPSPKKDGLSPEMREKIRKEYVGWGGSPDEPTPNYFLYIIIGISVLAVIVKFLGIVQS

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from RNA seq and genomic (scaffold_100, 10 introns). First and last introns are very long (undetermined nucleotides)
DNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCGGCTATCGCTGCTCAGGGGGCTTCGCTTTGCAAGTCAACGACATTAGCCACCCTCTCATCTGCCGGGGCTGGCGATGGCGGAGAAACCTGCCAGCGAGGGAGGCTGACACGTGGC
GTGCAGGGGAACGACGTGTTCCAAGCGCGCTCTGCTGTTCGATCAGGCTCTGCAGATGAGAGGGCGCCACGTGTCAGAAGCTTGTTGCCTCAGTTGCCGCCGCGACGTCGCAAGTTTTCT
TCTCAGTTCCTTCCTTCT
GTACGTCGAGCAACTTCCCTCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTATTCTCTTTCTGTCTCTCTTTCTTTGTTTCTTCGTGAGCA
GGGTGGATATCTGATCAGAGCTCTCTATGCCATTTTATATTTTATATTTTATTTTTTGCTCAAATACCATTTTATATTTTATTTTTTGCTCAAATACTATCGTATATTCATCTGATTACA
AATCAAGATTCGAATTCAGGATGTGTTTACTGCCTTCTTCCCCCGAATACAACGAACGGTCATTATAACTGTATTTGAGGCATCTTTCTGTCTAGATACAGCCATAATGACCGTACGTTG
TATTCGGGGGAAGAAGGTAGCAATTCGTTCTACATTTGTGTATCATTCAGTCACATTCGTGAATAGGTGAACATTGCCTCCACCTTCATCCATACTTTCCTCCCTTTCTCTTCTTCCTTC
TCGTCTTCGTTTTCGTCTTCATCTTCGTCTTCTTCTACCAGTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTGGTTAAAGGTTCTTTTCCTTGCTTCTTTTTGTCTTCTTCGTCTGCGTCT
TCCTTCTGCTCCTGGATGACTTTTTCATTCTACTTTTATTTACAATAATGATTTCTTTTAGACATGCAGAGTGTTAATTTTATTGATTACATCTTAACAGTCCTGGGCCATATCTTCGAT
CTCTGTCCGTCGTTCCTCGTCCTCGTCCTCGTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATGAACCTTTTCCGAAAGAAACGCCCTTTCTCGCGCAATGTGTGGCGTGAAATCCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGAGTATT
AAATTTGCCTTGCATTGTACATATTGGTCAATGGTGGCGGGCAATCCCTCCACATCTCCATCCGGGGGCCAAGTCCCACTAGCAGCGTTGAGTTTCCTCAACGACTGAATCTGGACGTGT
TTGTGGATATGTGTAGAAATGGCGTTGAGTTTTCTCAACTGCACATCTCCACGAACACGTCCAGATTCAGGCGTTGAGGAAACTCAACGCTGCTAGTGGGACCTCGCCCCGGAATGCTGG
GGCCTTCATCATTGGCCAATATGAATGAATAATGCAAGGCAAATTTAATATTTGGCTTGTAAAAATCGGCCACGGTAACTAAAGCATCAACTACCCCCCCCCCAAAAAAAAGAAAAAAAA
AAGCATCAACTATTCCAATGAAAAAAACAATCAAGAGTGGCCAGGGCCGTGGTCTCACTAGCAAAGGGGATAGGAGAGAAATCCTGAATCTGGCAATGTTGTATGCAGAGGTCACAGAAA
AAAGCAGTTCTATGTCGATTTTTTCCTGCTCCTGTCCTCAAACACGTCCAGATTCAGGCATTCACTCCGATGCTCTTTGCTAATGGGACCACGGCCCAGGGGTATTTTGTTTCTCCCGTC
CTCCTTTCGTTTATTTTGGTGATGAAAAAACCAAAAATGTGACTGCTTGGCCAAAAAAAAAAAAAAACCGAGAAAAAATAGTGCCTACCCGCCGTAGTTGGCCAAGGAATGTTATTTTAA
CTTATTGATCAAAAAATTATGAAGGAAATGCATGAAATTCATCCTCCTCCACCCCCTCCACCCCCCCCCCTTCCCCTCCCTTTGCCCCTGGGTCCAAGTCCCACTAGCAGCGTTGAGCTA
CCTCAACGCCTGAATCTGGACATGTTTGTGGAGACGTGCAGTTCAGGAAACTCAACACCATTTCTGCACATCTCAGCAAAAGCGTCCAGATTCAGGGGTTGAGGTAGCTCAACGCTGCTA
GTGGGACTTGGCCCCTGTCTCTCTTTCTTTTTTCCCCAAAAATAACGGCTAAAAGCCTAAAATAGTAAAATTTTTGAACTTCGACTTTTTTTTTTTCCCCCCCGTTTCCGAAGGAATTCT
TATTATTTTAATACGCGCCCAGTCCGCCAGGCAATACGCAACTTTTTTTTATTTTTATTTTTTGTCACACAACAAATATCAATCCAGTTCCAAAAAGGTAACCAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCTCCTCTCTTCACCCCTAACCCAACAGCTGCCAAATCTTC
TACCTCTTCAATACATCGACAAACTAATTCAGTCAATTTCTCGACTTGTCCCTATCGTCCTTAATTTAGACCCGGGGCCATGCTAATTAAGGTTCTGAAAATTATAATAATAATAATAAT
ATTAACAACAGTATAATTATAATATTAATAACAACAGTATAATAATAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAACAATAATAATAATAAGAAGAAGAAGAAAAATAAAGGTTCTCTTTG
TAGTTCCAAAATTATTTAACGGGAAAAAAAGAAAAACGCATATCCCTCGCGGGGGCTAGGTCCCACTTGCGCTTCCCTCTTTATTTTTTTTATTCTTCCCTTTTTTTCCCCCTTCGTTTC
GTCTGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATTTCTCGATTTATGCTTGTCATCCTTACGCAGGGGCCATGTTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAACGGTTGTCCCGAAGGACTTGT
TTGAAACACACAAAAAAAAAAAGAAGCTTCAGGAAAAAAAAAAAAAAATCTTCAGAAATTTGTAGATTCGTTTTCGCTTTTTTCTCTTTGACACATGATTGGTCCTGCTCCTCTTCAGCT
TGACCTGTGATGACTCGTTCATCAGACGGATCTCATGACATATGTGAAGGTATATATATAGATATATATATACCTCGTTTGTTGTCCTCTTCTCCCTCTCTGCCTACGGTTTACCGGGCA
GTTCTATTTGACGATATATATTACCGGGCAGTTCTATTTGACGATATATATATATATCGTCAAATAGAACTGCCCGGTAAACCGTAGGCAGAGAGGGAGAAGAGGACAACAAACGAGGGG
CTGTGACAAACTGTTTCGTCGGAGTTTCACCGACTATGTATATCGACGAAACAGTTTGTCACAGCCCCTCGTTTCTTGTCCTCTTCTCTCTCTCTGCCTACGGTTTACGGGNNNNNNNNN
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GAGGAACGGCTGGGCTAAGAGGAATGATTGGTTCCCCGTTCCCGAACGTATATTTTATTATTTTGAATATTTTCACATTTGGACGCAGCTGAGGTGGAACGAGCAATAATGCGTCCTCTT
GCCCGCCTTGCCAGATCAGAAACAGGCTGGTTTATTATGGAAAATCTATCACCTGGTGGTCCCCACAGCGCAATGGCTGGCAAACAACAGTCAGCACAAGGATCAGATGTGTACTGCAGG
GTGTGGACCGGTGGACTCTGTCCCTACCGGTAGTAACCTCTTTGTGCGGTGCCCGACTGCTCGGACCTTTTGGGAATGGTGGGCGCACGAAGGAGCAGACAAGTCTTAGGTGGACGTCGC
GGACTCCGAGGTGGACGATGCAGCGAGGCCTGTGGATCCTGCGGAATGAACGCTGCAGGCAGGGATGCAGGAAGGGAACATCTGCACCGCTGCAAGCATACCAACCAAGAACAGGGGCTG
AAAAATATCAGAGTTGCCCTCCTGGCTGATCTATCGAGATGCAGGCACGCAGGGGAGCAGAAGGAACGAGCCGTCAGGGCAAGATGGGGCCTGTATCCGCAACTGCTCGGCCGGGACCCC
CAGATGGGCCATGATATGCAGTTTGGCCCCTTGCCTGATGCGCCACATGGCACTGCCTAGACCCGAGACAGAGGAAGAATCAGATTAGAGACCTCCACTGATTTGTACTATAGTTAGGAG
GGATGGGTGGGATTGATAGCTGGAGGCTAATAGATGTACTATAGTAGGGAGGATGAAGGGCTGGAAGTAGGTAGATAGGAGAGAGGAACAAGGGAAACTCACTGCTACCAGCGTCGTCAC
CATTGGTTGATGGAAAGGTGTGCTTTCTCATGTTTTGTTGTTTTGCAGATCTCTCAAGGCAAGAGCTCAGAGCGAAACAGAAATCCTCCAAAAGAGGGAATGGCATTGTCAGTCCTTGTG
CTTCAGCAGAGGCAATCGGTGTGAGAGTTGAGCAGCTAAGGGGCGCAAGGGAGGCATTGAAAGAGATCATCCAGAGCAAATATTGCAATCCAATTTTGG
TAGGATTCTGCCTTTTCCTTC
TCCGCTTCATCTGTCTGTCTGTCTGTTTATCACCCTGTCTGTATCTCTGTCTATCTGTCTGTCTGTCGGTCGCTTGGTCAGTTGGTTGGCTGGCCGGGTGTGTCAGATGATCGACTAGTC
AGTCGGTCGGTCAGTTGGTCGGTTGGTCGGTCAGTCAGTAGGTTGGTTGGTTGGTCGGTTCGGTCGGTCAGTGGGTTGGTTGGTTGGGTCAGTTGGTCGGGTCGGTCAATCAGTCGATTG
GTGAGCCCACTGCCAGCCTGCCTGCCTTTCTGTCCATGGGTCAGTCTGTTTGTTGCTCTGTGTGTCAGTCAGTCAGTCAATCAGTCTGTCTGTTTGTCCACCTATCTGCCCACCTGCCCA
TATGTTCGTCCCTCTGTCTGTCTGTCAGTCTCTTTATCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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ACCTCTCCCTACCTCTCCATCCCTCTCCCTCCCTCTCCCTCCCTCTCCCTCCCTCACCTCCTCTTCTCTGTCACTGGCCTTTGCTGATGACAGCAATGCAGCTGTGTTGTTGAATGGGAC
AGGTATACGGCTTGGTTGGCACGACTCGGGAACGTATAACAAGGAGATCCAAGAATGGCCCACGGCCGGCGGTGCAACGGCAAGCATAAGGTTCAAGCCAGAGATTGATCACGGTGCAAA
CGCAGGTGAGAGGG
TACTCACACATGGACTTTTCTGGATGTATCTGACGGCAATTACGGCCGACCATGGCTGTATGTGACTCCAATTACGCCCGGAGCTGACTCCAAAAGGTCCTATTGT
GAGTACGCCAAACGATCAGTTCGGGAGGAACTTGCTCCAGCTATTTAAAACGAAAGCAATTGAAAAAAAGAAGAAATGGAAGAAAAAGAAAGGCAAGGATGGGCCCAGTGAAGCAAATAG
CCCGCAGGCAGGTAACTGACTCCTGGTAGCAAGAACACCGTTGAAATGCAGGCCATGCCGCAATAGGATATTTTATTATTTTTCATGCGTAGTACATGAGCAGATGCGCAAACTGCCAGT
ACTCGGCCCCAGCCTTGCAGAAAATGAAGTGGTCCCCACCACCACAAGTTTCGGGGCTTGGCCGTCGTTGACGAATTTCAACAGTGGCCTTCGTCGCGTTTCCGGCCTCCAGAAGTCGAG
GTGAGGGGCCCACAGCCACTTTTCCGGCCTCCGAAAGTCGCAGTGAGGAGTCTGCGGCTGATGTATGGCTGTGTGCTGGTGGTTTAATCATCTTTAATCATTGTTTAAATGTTGTTGTTG
TTGTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGTTGCTTTTTGCGGGAGCCTTAGTGCAATCCTAGCAGATAGCACATACAGTAACTCTAGTATGATACATATCCTAGAA
CAGCACATGCACTAGAATAGCACATGCTCTAAAATAGCACATGCACTACTAAGAGTAGCACATGCTCTTGAGTACCACATGCAAGAATAGCACATGCACCAAAGACAGCATATATATTTG
TATAGCAAATGTACAAGCATAGCCCATAATCTACTAGTATAGCACATTTTCAAGCATACCCCGTACACCCGTATAACGCAGATACTAGCGCATATACACACATAGCACATGAACAAGCAT
ATCCTATATACTGCGGTAGTATAGCACATGTACTCTCATTTAGCACGTGAACAAGCATCGCCCACGTACAAACATAGCCCGTATGCACTAGTATAAAAGAGATACTAGGACATGTACAAG
CATAGCCCATTCACTAGCGTAGCTCATATACATTACCCATCTGAAAACAGTATAACACAGATGCTAGCATATATCAAATAGTGTACTCGCAATACATCTGCCTCAAAGTGTGGTCAGGTA
CATTCAGAAACGTAGGGAGGGAAGGGGGGGGAGGGGGGGGGGGGAGAGGAATGCCTCAATCTATCTCTTGTATTTCTCTCCATGGATTCCGTTTGCTGCCATCTTCACCGGAATGGAAAC
CCCAGTCATAATTGCTGTATCTAGACTGAAAGTTGCCCCGTATACGGCTATAATGACCACGTGTTCTATTCCAGTGACGATGGTTGGCAGCATTTCTTCTTCTTCTTCTTNNNNNNNNNN
NNNNNNNTGTATCTAGACTGAAAGTTGCCCCGTATACGGCTATAATGACCACGTGTTCTATTCCAGTGACGATGGTTGGCAGCATTTCTTCTTCTTCTTCTTGTTCAGTCTGGAATATCG
TTTGTAACAATTCCTTCAAAGCATTTTTTCATTTTTTTATAACGCGGCACCTTGCGAATATGTTGTGCTGTATCTAAAGCTTTGAGTGATAAGTTTTCAAAGTGTTGAAAATGCGCTTGT
ACATGAAAAATGTGCTAAGAGGGGTTTCCCGCTTATATGCTTTCAGCGGTTCTCCCATACCAACGTAGCTACCCGGCAATGCCACTGGCATGACAACCGGTCCACCATAGGTTGACCCAT
CCCAGTCCTCTCGTACTAGGGATGGCTTCTCTCAATTCTCTTCACATCACCAACGGTAGATAGTGAAACAGTTTTCACCTTTGGCAGTAGCCGATGCAGATCCCAGGGGTCGATCCCTTG
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CDS
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