1. Browse the Database
  2. View Redoxidase
Entry information : MtPrx42 (Medtr5g016010.1[4.0] / Medtr2g089750.1[3.5] / Medtr5g015990.1[3.0])
Entry ID 366
Creation 2006-06-22 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2010-09-15 (Haythem Mhadhbi)
Sequence status complete
Reviewer Messaoudi
Last annotation changes 2014-07-29 (Messaoudi)
Peroxidase information: MtPrx42 (Medtr5g016010.1[4.0] / Medtr2g089750.1[3.5] / Medtr5g015990.1[3.0])
Name (synonym) MtPrx42 (Medtr5g016010.1[4.0] / Medtr2g089750.1[3.5] / Medtr5g015990.1[3.0])
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx009]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Fabaceae Medicago
Organism Medicago truncatula (barrel medic)    [TaxId: 3880 ]
Cellular localisation N/D
Tissue types Leaves
Roots
Seedlings
Seeds
Stems
Inducers Glomus intraradices infection
Pathogen interaction
Phosphate starvation
Phytophthora infection
Sinorhizobium inoculation
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value MtPrx42
start..stop		 S start..stop
MsPrx16 650 0 4..328 1..325
GmPrx25 586 0 1..328 1..328
GmPrx104 581 0 1..328 1..328
TrPrx02 505 0 5..328 6..329
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 5654297..5654512 214 N° 2 5653994..5654194 199 N° 3 5653558..5653723 164 N° 4 5652200..5652603 402
complement(join(5652200..5652603,5653558..5653723,5653994..5654194,5654297..5654 512))


exon

Literature and cross-references MtPrx42 (Medtr5g016010.1[4.0] / Medtr2g089750.1[3.5] / Medtr5g015990.1[3.0])
Literature Journet,E.P.et al., unpublished
Protein ref. UniProtKB:   Q1SC11
DNA ref. Phytozome 12:   chr5 (5654512..5652200)
Cluster/Prediction ref. Phytozome Gene 12:   31090457
Omic ref. Gene atlas:   Mtr.37626.1.S1_at Legoo:   Mtr.37626.1.S1_at
Protein sequence: MtPrx42 (Medtr5g016010.1[4.0] / Medtr2g089750.1[3.5] / Medtr5g015990.1[3.0])
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   328 (303)
PWM (Da):   %s   36083.33 (33253.7)  
PI (pH):   %s   9.09 (8.91) Peptide Signal:   %s   cut: 26 range:26-328
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MAQLNLILVSLLFLTLFLHSRPTHAQLSRHHYKNSCPNVENIVRE
AVKKKFHQTFTTVPATLRLFFHDCFVQGCDGSILVSSTPHNRAERDHPDNLSLAGDGFDTVIQAKAAVDAVPLCQNKVSCADILAMATRDVIALAGGPYYEVELGRFDGLRSKDSDVNGKLPEPGFNLNQLNTLFKHHGLTQTEMIA
LSGAHTVGFSHCNKFTNRVYNFKTTSRVDPTLDLKYAAQLKSMCPRNVDPRVAVDMDPVTPHAFDNVYFKNLQKGKGLFTSDQVLFTDSRSKAAVNAFASSNKIFHANFVAAMTKLGRVG
VKNSHNGNIRTDCSVI

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 5, 3 introns) and 25 ESTs. (other accession CT573053).
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTCAGCTTAATCTTATACTTGTCTCGTTACTCTTCTTAACTCTCTTTCTTCATTCACGTCCTACTCATGCCCAATTAAGTAGACACCACTACAAGAATTCTTGTCCCAATGTTGAA
AACATTGTCAGAGAAGCTGTCAAAAAGAAATTTCATCAAACATTTACAACAGTTCCTGCCACTCTACGTCTCTTCTTCCATGACTGCTTTGTTCAGGTAATTAATTTCAATTACATGCAT
TTTATTTGGTTCACCATAAATAAATGTTACCTTTTCTAATTTATGTTGTGCATGTCTATCATATTGCAATTACCACAGGGGGTTGTGATGGTTCTATTCTTGTATCTTCAACGCCACATA
ATAGAGCAGAGAGGGATCACCCTGATAATCTTTCATTGGCTGGAGATGGATTTGACACAGTTATACAAGCCAAAGCAGCTGTGGACGCTGTTCCTCTTTGCCAGAATAAAGTTTCTTGTG
CTGATATTCTTGCTATGGCAACTCGTGATGTTATTGCGTTGGTTTGTTTGTTTCTAAATTTATTCTAGAATTAATCTATTTTTTCTCTAAACTAATTTTGTTCTAAATATATAAAATTCG
TCAATTTAATCTCAACTATTAAGATGTTAGAGACTACTGCAACACATTTTCAAATATTTTAAAAGCTACATCGACGGGTTTTATATACTTTAATTATTATTAGAATATAAAAGATTTATT
GTATAAATTATTAGACTTGGTATTATTTATGACGACTGACTAGGAGGTTAATGTAAAATTTGAATTTTCAGGCGCAGGAGGACCTTACTATGAGGTAGAATTGGGAAGATTTGATGGGCT
AAGATCTAAAGATTCTGATGTTAATGGAAAACTTCCTGAGCCTGGATTCAACTTGAACCAGCTTAATACATTGTTTAAACACCACGGGCTTACACAAACAGAAATGATTGCACTTTCAGG
TAATGCGCCGCGTGGTTTACAGTTTTTACACTTTCCAATTAAAGGGTGCCAGTCAAATAATTTTAAACAGGTGCCATGCCAACATGAGACATATTGATCCATGTTCGGATGTTCCTATGT
GATTGTCATTATACTGTTTGAGGGTACGAGGGTATTGGATAGAATAAAATACCAAATTCGTCCATAACTTTGATGTTCACAAATAGGTCTAACATATTGTGAACATTAATAAAAAAATAT
CAGACTTTATTGAAGTTTTTTCTTATTAAACCTTCTTTGAGCATGGTAGCTACTAAATTGATATTAAGTCAAAATATTGGAAGTGGATTATAAATATAAAAAGTAGATTGATAGTAAGTT
GTTAAAATGTAGAGATTTAATTGATAGTTAATAATTAAATATAATGAGCAACTTGTCATTTTATATATTTATTTTTAGTGTCATACAAAATCTTAGACTAATTAAATGATTTAGTGGGAG
GAATATACAATGCAAAATAATCTTTGAAAAGTATCCTTGAGTCTTTGTGGAATTCAAATGAGCGGTAAATTCTCCTTAAAAAGTTTCATGATGCTGCATGCATAAAACTGATTTCGAACC
AATGACTTTGGTTAAGTTAAAAGAAATGTGTATCATCTCATCTAAACGCTCTTGAATTGACTAAAAATGCACTATATAAACTCGATTATTAGCCTATATATACTACAAATTAAAGTAATT
ATACTCAAGTATCTGAGTTAGATCTTATGAGTTTTTTCAACTTAATCAATGTAGAAAAATAAAGATATCGAAGGAGATAGTATTTCTAGTGATTGTCGGCAACATATCCAATTTATAAAT
GTAAAATAATAAAAAGTAATCATCTTTGAAAAGTTGAAAAGGATCATTGAATAAAATTAATAAATAAAACTTTGGATCCTTGTGTTGATTGACATGATTCATTCCCTCTGTAGGTGTGCT
CACACTGTTGGATTCTCACATTGCAACAAATTCACCAATAGAGTGTATAATTTCAAGACAACGAGTCGAGTAGACCCTACATTAGACTTAAAATACGCAGCACAGTTAAAATCAATGTGC
CCAAGGAATGTGGATCCAAGGGTTGCAGTTGATATGGACCCAGTTACTCCACATGCTTTCGATAATGTCTATTTCAAGAATCTACAAAAGGGGAAGGGTTTATTCACCTCAGACCAAGTC
CTCTTCACGGATTCAAGATCCAAAGCTGCAGTAAATGCTTTTGCTAGTAGTAACAAAATATTTCATGCTAATTTTGTTGCTGCCATGACCAAATTGGGTCGAGTTGGTGTCAAGAATTCA
CACAATGGGAACATTCGTACGGATTGTTCTGTGATTTAA

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTCAGCTTAATCTTATACTTGTCTCGTTACTCTTCTTAACTCTCTTTCTTCATTCACGTCCTACTCATGCCCAATTAAGTAGACACCACTACAAGAATTCTTGTCCCAATGTTGAA
AACATTGTCAGAGAAGCTGTCAAAAAGAAATTTCATCAAACATTTACAACAGTTCCTGCCACTCTACGTCTCTTCTTCCATGACTGCTTTGTTCAGGGTTGTGATGGTTCTATTCTTGTA
TCTTCAACGCCACATAATAGAGCAGAGAGGGATCACCCTGATAATCTTTCATTGGCTGGAGATGGATTTGACACAGTTATACAAGCCAAAGCAGCTGTGGACGCTGTTCCTCTTTGCCAG
AATAAAGTTTCTTGTGCTGATATTCTTGCTATGGCAACTCGTGATGTTATTGCGTTGGCAGGAGGACCTTACTATGAGGTAGAATTGGGAAGATTTGATGGGCTAAGATCTAAAGATTCT
GATGTTAATGGAAAACTTCCTGAGCCTGGATTCAACTTGAACCAGCTTAATACATTGTTTAAACACCACGGGCTTACACAAACAGAAATGATTGCACTTTCAGGTGCTCACACTGTTGGA
TTCTCACATTGCAACAAATTCACCAATAGAGTGTATAATTTCAAGACAACGAGTCGAGTAGACCCTACATTAGACTTAAAATACGCAGCACAGTTAAAATCAATGTGCCCAAGGAATGTG
GATCCAAGGGTTGCAGTTGATATGGACCCAGTTACTCCACATGCTTTCGATAATGTCTATTTCAAGAATCTACAAAAGGGGAAGGGTTTATTCACCTCAGACCAAGTCCTCTTCACGGAT
TCAAGATCCAAAGCTGCAGTAAATGCTTTTGCTAGTAGTAACAAAATATTTCATGCTAATTTTGTTGCTGCCATGACCAAATTGGGTCGAGTTGGTGTCAAGAATTCACACAATGGGAAC
ATTCGTACGGATTGTTCTGTGATTTAA

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
CGGCCGGGGA CTCCTTTACT TTACCTCTGC AAAAAAACAT CAAATGGCTC AGCTTAATCT TATACTTGTC TCGTTACTCT TCTTAACTCT CTTTCTTCAT TCACGTCCTA CTCATGCCCA  ATTAAGTAGA CACCACTACA AGAATTCTTG TCCCAATGTT GAAAACATTG TCAGAGAAGC TGTCAAAAAG AAATTTCATC AAACATTTAC AACAGTTCCT GCCACTCTAC GTCTCTTCTT  CCATGACTGC TTTGTTCAGG GTTGTGATGG TTCTATTCTT GTATCTTCAA CGCCACATAA TAGAGCAGAG AGGGATCACC CTGATAATCT TTCATTGGCT GGAGATGGAT TTGACACAGT  TATACAAGCC AAAGCAGCTG TGGACGCTGT TCCTCTTTGC CAGAATAAAG TTTCTTGTGC TGATATTCTT GCTATGGCAA CTCGTGATGT TATTGCGTTG GCAGGAGGAC CTTACTATGA  GGTAGAATTG GGAAGATTTG ATGGGCTAAG ATCTAAAGAT TCTGATGTTA ATGGAAAACT TCCTGAGCCT GGATTCAACT TGAACCAGCT TAATACATTG TTTAAACACC ACGGGCTTAC  ACAAACAGAA ATGATTGCAC TTTCAGGTGC TCACACTGTT GGATTCTCAC ATTGCAACAA ATTCACCAAT AGAGTGTATA ATTTCAAGAC AACGAGTCGA GTAGACCCTA CATTAGACTT  AAAATACGCA GCACAGTTAA AATCAATGTG CCCAAGGAAT GTGGATCCAA GGGTTGCAGT TGATATGGAC CCAGTTACTC CACATGCTTT CGATAATGTC TATTTCAAGA ATCTACAAAA  GGGGAAGGGT TTATTCACCT CAGACCAAGT CCTCTTCACG GATTCAAGAT CCAAAGCTGC AGTAAATGCT TTTGCTAGTA GTAACAAAAT ATTTCATGCT AATTTTGTTG CTGCCATGAC  CAAATTGGGT CGAGTTGGTG TCAAGAATTC ACACAATGGG AACATTCGTA CGGATTGTTC TGTGATTTAA TTCATATCAA ATTGGAATGT TGTGGTCCTT GTGGATGACA AATTATCTTA 
TTGGAATGCA TTTCATGTAT ATTTATCTCC TGTTTTGCAT AAAATAATAA GAACATTATG TTCCAAAAGT ACATCTAAAA GACTACAATA ACATTTGATA CGCTGCTGAT 

Retrieve as FASTA