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Entry information : HaCSD04 (HanXRQChr02g0055581)
Entry ID 13741
Creation 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-11-23 (Catherine Mathe (Scipio))
Peroxidase information: HaCSD04 (HanXRQChr02g0055581)
Name (synonym) HaCSD04 (HanXRQChr02g0055581)
Class Cu/Zn SOD    [Orthogroup: CSD001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Asteraceae Helianthus
Organism Helianthus annuus (Sunflower)    [TaxId: 4232 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value HaCSD04
start..stop		 S start..stop
AtCSD02 319 2.34e-112 8..225 1..216
NoffCSD02-1B 307 1.53e-107 9..225 1..207
TsCSD02 307 3.05e-107 9..225 1..226
NoffCSD02-1A 301 4.04e-105 40..225 34..215
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 165504867..165505158 290 N° 2 165506905..165506966 60 N° 3 165507057..165507096 38 N° 4 165507190..165507285 94
N° 5 165508560..165508591 30 N° 6 165508695..165508770 74 N° 7 165508894..165508947 52 N° 8 165510013..165510035 21
join(165504867..165505158,165506905..165506966,165507057..165507096,165507190..1 65507285,165508560..165508591,165508695..165508770,165508894..165508947,16551001 3..165510035)


exon

Literature and cross-references HaCSD04 (HanXRQChr02g0055581)
DNA ref. HanXRQ genome:   HanXRQChr02 (165504867..165510035)
Protein sequence: HaCSD04 (HanXRQChr02g0055581)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   225
PWM (Da):   %s   22692.66  
PI (pH):   %s   6.43
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MQQAALALMAAHSILFSSPTTTTNPLIFPLSNPNTLHSSFTGVSLKSTLNRQSLTLSAAAATAPKPLTVVAATKKAVAVLKGTSSVEGVVTLTQEDDGPTTVNVKITGLTPGPHGFHHEF
GDTTNGCISTGPHFNPNGHTHGAPEDEIRHAGDLGNIIANADGVAEATIVDNIPLTGPNAVVGRALVVHELADDLGKGGHELSLSTGNAGGRLACGVVGLTP

Retrieve as FASTA  
Remarks
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGCAGCAAGCTGCACTTGCATTAATGGCTGCTCACTCAATCCTCTTCTCTTCACCAACAACCACCACTAATCCCCTCATCTTTCCTCTTTCAAACCCTAACACTCTCCACTCTTCTTTC
ACCGGCGTCTCCCTCAAATCCACCCTCAACCGCCAATCCCTAACCCTCTCCGCCGCCGCCGCCACCGCTCCTAAGCCGCTTACGGTTGTCGCCGCCACCAAGAAAGCTGTTGCTGTTCTC
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TGCCTATTCGCCTTGAGTGCGCCTAGCGCTTTTAATAACTTTTAATAAAATATTGTGGTTTCTGTTTGGTTCTTGTTTTAAAAAGCGAAAAGCGACAAAGTCTAAAACCAAGAGAAGCGC
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TTTTTTTTTTTAATTTGTGATTAAACATTATATCATATTTGGATTAGGGTTTGAATTTTGACTAGACAAGTGTATGATATATGCCATTGATTTGTTTGTGAATTGTTGTTATTGATGTAG

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CTATATTTTAATTGTTTTAAAGTAAAACTGAGGTTTGGCCAGTTTTGTGACTTTCGTCCAAAGGTTTGTTTTTCCGCATCTGGGACGAAAATGGCATTTTACTCTACTTTTTAGGAAAAA
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TTTATTTATTCTTAATTTGGTCGTCCGTCGTTTACACCAGCCCCAAGTTAAATGACCGTCTTTGATCTTTCTTTATAATTTTTGTGTTAAATATAATGCAGGCGTGGCTGAGGCTACAAT
CGTCGATAATCAGAGGTTTGAGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTTTTTTTTGTTTAATGATCCTGTTTGGTGTAATTTGTTGATCGTCTAGTTATAATATTTGATTTATGAGGACTTGCAGAT
ACCATTGACCGGGCCTAATGCTGTGGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAGCTTGCTGACGACCTCGGAAAGGGGGTAATTTGCAATTAATTTTTATAATTATTATTATTTTTTTTAAA
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ACCAAACCCATAACTTAAACGAAATTATTACATATCTTAACTGAATTTTTATCAAAACGAATTTATTCGAATTTAACCGAATTCGATTCGAATTCGAATTGGGATTTTAATTCGAATACG
AATCGAATTGGTTGGTTCTTAATTGAATTCGAATTCAAGCAAAAAATAGATTATAGGAAAAATTCGATTTGAAATTTCGATATTCGATTCGATGAACACCCCTAGTTGATCTGGATTATA
TTTTATCTCAAACGGGTCAAAAGGTGTCTAAAAGTGTAATAAAATCCTTACAATCTTTTAATCCAGTTTATTAAAAATCATATTACTCTTTTCGTACTTTAGTTTTTCAATCATATTTAG
TAGTTAGTACGTTAATCATTAAATTAAAAAAAAATAAAGAACACCTCAAAAGATCGTTCGTGTAGTTTTTTGGTTTTATTAAATTAAGTATAACCTTTTTATTAAAAATCATATTGCCAT
TTTCATGCTTTAGGTTTCAAATTCATCTTTACTATAAAAATCATTAAACAAAGTAAGAAAAATGAATAAAGAGCATCTCAAACGATTGTCTATGTGGTTTCATCAGATTAGAAAGCGTGT
CGTTTTCTAAATCATTATTCACATAAAAGGCGAAAAAGAAAGAAAAAAGAGTTGTATTTTGATTCACTTTGTTACAACTTTTTTAAACCGCAAATCTCTTTCGCCCTTTGAAATATGCAG

GTGTGGTCGGGTTGACTCCAATA

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGCAGCAAGCTGCACTTGCATTAATGGCTGCTCACTCAATCCTCTTCTCTTCACCAACAACCACCACTAATCCCCTCATCTTTCCTCTTTCAAACCCTAACACTCTCCACTCTTCTTTC
ACCGGCGTCTCCCTCAAATCCACCCTCAACCGCCAATCCCTAACCCTCTCCGCCGCCGCCGCCACCGCTCCTAAGCCGCTTACGGTTGTCGCCGCCACCAAGAAAGCTGTTGCTGTTCTC
AAGGGTACTTCTAGCGTTGAAGGCGTTGTTACTCTTACTCAAGAAGACGATGGCCCAACAACTGTGAATGTGAAAATAACCGGACTAACTCCCGGACCCCACGGGTTTCATCTACATGAG
TTTGGTGATACCACAAACGGGTGCATATCAACAGGACCTCATTTCAATCCGAATGGGCATACTCATGGTGCTCCTGAAGACGAAATTCGCCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAATTGCC
AATGCCGATGGCGTGGCTGAGGCTACAATCGTCGATAATCAGATACCATTGACCGGGCCTAATGCTGTGGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAGCTTGCTGACGACCTCGGAAAGGGT
GGTCACGAACTTAGCCTCTCCACTGGAAATGCAGGCGGACGATTGGCTTGTGGTGTGGTCGGGTTGACTCCAATA

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ACAAAACAAC AAGAAACACA CCGAATGAAT CATCTTTTAT CTTCCATTTG TTGTCACAAA CATTATCATT TTATCATCAT TCACACCTAC CACTGAATGC AGCAAGCTGC ACTTGCATTA  ATGGCTGCTC ACTCAATCCT CTTCTCTTCA CCAACAACCA CCACTAATCC CCTCATCTTT CCTCTTTCAA ACCCTAACAC TCTCCACTCT TCTTTCACCG GCGTCTCCCT CAAATCCACC  CTCAACCGCC AATCCCTAAC CCTCTCCGCC GCCGCCGCCA CCGCTCCTAA GCCGCTTACG GTTGTCGCCG CCACCAAGAA AGCTGTTGCT GTTCTCAAGG GTACTTCTAG CGTTGAAGGC  GTTGTTACTC TTACTCAAGA AGACGATGGC CCAACAACTG TGAATGTGAA AATAACCGGA CTAACTCCCG GACCCCACGG GTTTCATCTA CATGAGTTTG GTGATACCAC AAACGGGTGC  ATATCAACAG GACCTCATTT CAATCCGAAT GGGCATACTC ATGGTGCTCC TGAAGACGAA ATTCGCCATG CGGGTGACCT GGGAAACATA ATTGCCAATG CCGATGGCGT GGCTGAGGCT  ACAATCGTCG ATAATCAGAT ACCATTGACC GGGCCTAATG CTGTGGTTGG AAGAGCCTTG GTGGTTCATG AGCTTGCTGA CGACCTCGGA AAGGGTGGTC ACGAACTTAG CCTCTCCACT  GGAAATGCAG GCGGACGATT GGCTTGTGGT GTGGTCGGGT TGACTCCAAT ATAATCTTGT GGCGAACCTT GTTCAGTCGG TCTCAGTTTT CGCATAGAGG TTAATGGTTT GCAATTAAAA  ACTGTAAGGT GAAATATTTG CACATTGTAT TTAGCCAAAT AATCATTGAG GCTTATGTGA AAACACTTGG TGAAAATGAT GCAGAACCAC TTCTTGCTGT TTTAATAACT TATGGTTTGA 
TTATCATATT ATTGGACCAC TTTTACTTGG CACCTTTATG AAGGCATTCA TATTTATAAT ATGTAGGGCT GCAAACGAAC CGAATGAACA CGAACAAGAC CTTGTTCGTG 

Retrieve as FASTA