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Entry information : HaCSD01 (HanXRQChr07g0190131)
Entry ID 13742
Creation 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-11-23 (Catherine Mathe (Scipio))
Peroxidase information: HaCSD01 (HanXRQChr07g0190131)
Name (synonym) HaCSD01 (HanXRQChr07g0190131)
Class Cu/Zn SOD    [Orthogroup: CSD001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Asteraceae Helianthus
Organism Helianthus annuus (Sunflower)    [TaxId: 4232 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value HaCSD01
start..stop		 S start..stop
HaCSD02 306 3.2e-107 13..197 32..232
LeCSD01 270 4.9e-94 45..197 1..152
AtrCSD02 265 6.39e-92 44..197 24..176
MyspiCSD01-1B 262 5.32e-91 45..197 1..152
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 26571290..26571408 117 N° 2 26573261..26573349 87 N° 3 26573413..26573517 103 N° 4 26573610..26573705 94
N° 5 26574460..26574491 30 N° 6 26574565..26574640 74 N° 7 26574726..26574799 72  
join(26571290..26571408,26573261..26573349,26573413..26573517,26573610..26573705 ,26574460..26574491,26574565..26574640,26574726..26574799)


exon

Literature and cross-references HaCSD01 (HanXRQChr07g0190131)
DNA ref. HanXRQ genome:   HanXRQChr07 (26571290..26574799)
Protein sequence: HaCSD01 (HanXRQChr07g0190131)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   197
PWM (Da):   %s   20480.07 Transmb domain:   %s   i7-24o
PI (pH):   %s   6.88
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MVTFAICMYLYLYINQSACPNFSTTHSHTHTHNLCRGVLRSHTKMVKAVTVLNSSEGVSGTIFFTQEAGAPTTVTGDISGLKPGPHGFHVHALGDTTNGCMSTGPHYNPHGKEHGAPDDE
IRHAGDLGNVTVGEDGTAKFTIVDKQIPLIGGQSIIGRAVVVHADPDDLGGGHELSKSTGNAGGRVACGIIGLQ

Retrieve as FASTA  
Remarks
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGTGACCTTTGCTATATGTATGTATCTATATCTATATATCAATCAATCGGCGTGCCCTAATTTCTCGACTACTCACTCACACACACACACACACAATCTTTGCAGGGGTGTTCTGAGA
GGTAAAATTGAATCTTTTTTCGCTTTTCTTTGATTCTGATCGTTGTATGTATGTGTATTTGATCTTGTAATCTGTTGTATCGAAATCGAATTTGATTACGATGTGTGTGTTATTCTTATT
TTGTTTGTATCGCTTTTGATTTGATTTAGCTTGATTTTCGTACTTTCGATTATAAATTTATAACCGATTTGATCGAGATCAGTGAATTTTGACTTGGATCATTTCAATCTAGAAGTGGTG
CATGCGTTCATCTAATAGTAAATCTAGACAAAAGTTTAAGTTAGTGATTAGGTAACAATCATGTAATGGAAATCATGTTGTGTTATTGGATGATCGGTTTCTATTAAGTGGAAAACTAGG
TTTTTAAATGTTCTTATGGAGAATTGATTGAAATCAAAGGACAGAGGTTGAAATCTCAAATGGATGGGGACTTGTGTTTTTGTTTACAAGTGTTGCTGTAGAGAAAATTTGAGTTTATGT
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TGGCTCACTTGGTAGCTCGGCTCGGCTTAGCTCGAATTTTTTTTACTTATATTATATTTTATTTTTATATACATATAATATATTAAAAAATAGTGATTATTAATTACATTTAGTTAGGCT
TGTAGTTTGATATCTATGACATATTTAAAGGTTGATTTTCGTGCTAATGAACAAATATTGTATTTAAGTGAAATATAGAACATATTTTGCGTTATTGAACGTGATTTTGGCTTGTAATTT
ATTAGGTTGAACTTATTTTGAATATGTTCTTTTGAAGTATTGAATAATATTTTAGAATACTAAATTTTGAGAGCTATGTATTATTTTTTTTTAAAATCGAGCCAAACCAAGCCGAGCCGA
GCCAGCTCGGTTTAAAACCAAGCCGAGCCCGAGCTTAGATTTTTAGCTCGGTTTCAAATCCGAGCTGAGCCGAGCCAGCTCGGTTTATAATCGAGCCGAGCCCGAGCTTGCCCTAGCTTG
GCTCGGCTCAGCTCATGAACAGCCCTAGTTTTAAGGAAAGGAATAGGTGTCAAGAATATATAGATATACTGTTCTGTCTCTCTTCTGTTTGAATGATTTTGCATTACTGTCTTGATATAT
ATATGTATATGCCATTTTCGGATACAAATCATTAGTCAAAATTCATTTACGTATCATATGATGACTTGATCTAGATCGTTTCTCTATATAATCGATCATAACCGAAAGTATGACGATCAA
GCTTAGTCAAAGTGAATGTTTATTTTTTAAATGGTTATTTTCTTCTTGTGGTTTTAGTTGCCTAAGCATATTAGTTAACATGCTTTTTGAGGGTTAGTAAGTTATGGGGCTTTGTGCTGA
AATAGGCTAATGTAAGTAGAAGAACAAAGGGATTTTGTTATATATTACATGCACATAATCACATTTGTAAGTTGATTACTATATCGCCATCTTGTTTAGGGTGTGTGAGACAAAGCAGAT
GCTCATAGCCTTATTATATCCGCTCAATTAAACTTGCCTGCATGGCTGCATCCATTCCCAATAGTGAAAAGTTATGTTTGTAATTGTAAATCATATACAATTTAGATTTATTTGTTACCT
GGATACTTAATTCTTGCAAAGCTCCGTTAGGTTGGTGGTGTCGAATCAAACATTTAAGTCAATCATCAAAGAGTCTAAACCTAAATATTGTAAATTGATATCAAAATCATCGGTCGGAGA
GTTATATGCGCTTCATGGATAATATCTGCTTATTCATTTTATCACTTGTTTAGATCACATACAAAAATGGTGAAGGCAGTCACAGTTCTTAACAGCAGTGAAGGTGTTAGTGGCACCATT
TTCTTCACTCAAGAGGCAGAAGAGGTAGTTATTTACGTATTGAAGTTTGATAAACAGTTTAAGTATCTTACTTGATTGACGTTGCAGGTGCTCCCACAACTGTTACTGGTGACATTTCTG
GCCTTAAACCCGGACCACATGGTTTCCATGTTCATGCGCTTGGTGACACAACCAATGGATGCATGTCAACCGCGGTATGTGTTCCTCACTAAAATTGTTAAAGTTGAGTCATTTGTGCTT
AATGTTGACATATCCAAACATTTAAACCTTTTCTTTCTGATGATAGGTCCTCACTACAATCCTCATGGAAAGGAGCATGGTGCCCCTGATGACGAGATTCGCCATGCTGGCGATCTTGGC
AATGTCACAGTAGGCGAAGATGTGGTATGCTTTATGTTTCAAGAATTAGCATTATGATCTTTGCCTCTGCAAGCTTTATACAAGATCGGTTTTCAAAATCTAATACAAATCAACTTTGCT
TTGTTATTTTTCGCTAGTTTATTGCTTTCAGCAATGTTTTCACCATCATATCTCTTCGTTAAATCATGGTCAATATGTGTGAAATTTTTTTCAGGATAATTTCATACCTTGCTCTTGGGG
TACAAATGTACAATATTATATTTGCTCAACAAAACAAATCATAATATCTGTTATCAAGTATGCCTGTTTTTTAAACTCTGAGATTTACACCCTTAGCTAATATTCATTAGGATATTAGCT
TTTGGAATGCAAGGAAAAACAGAAGGGTATAATGGTCATATTATGAATTTTATATAATGAATTAGATTAATACGGATTTTTAAGCATTTGGGATGTCGGATATTTAGTAATAATTTTTTT
AATTTAAAAACGTTTGATACTATGCAAGTATTTATATGAATGTATATGAAATTACCCCTTTTTTCTTGCTTTCACCTTATCCATGAGCTTCGATTCAATTTAAAATTAAGGGGAGTCAAA
ATTTCTAATGACAGTTCTGTATAATAAGTTATGGCTCTATTTGTATTTGCTTTGCTAATGACAAAATTACGCAAATTTTATTTGAACTTTCAAAGACTATGAATGGAGAGTGAGAAAAAT
GTGAGCTCTGTAACTAATACCTACTACTAACTTCTTATGGCTTTCTCATTGAACTCAGGTACTGCAAAGTTCACCATTGTTGATAAGCAGAGGTTGGTTCCTTTTTGAAATTGAAGTTTG
ATACATGTTTAAGCATGCCAATTTAAGACGTAAAAATTCATGCAGATTCCACTAATTGGAGGTCAATCCATCATTGGAAGAGCTGTGGTTGTCCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAAG
GGGGTAAACTTGAGTTTTTTTAGTATCAAAACACATAGACATCCTTGCGGACACGTATCATAGATGTGAAGTTGTTTTAATCTTGCAGGAGGGCATGAGCTAAGCAAAAGCACTGGAAAT
GCTGGTGGAAGAGTTGCATGTGGTATCATTGGATTGCAGGGT

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGTGACCTTTGCTATATGTATGTATCTATATCTATATATCAATCAATCGGCGTGCCCTAATTTCTCGACTACTCACTCACACACACACACACACAATCTTTGCAGGGGTGTTCTGAGA
TCACATACAAAAATGGTGAAGGCAGTCACAGTTCTTAACAGCAGTGAAGGTGTTAGTGGCACCATTTTCTTCACTCAAGAGGCAGAAGGTGCTCCCACAACTGTTACTGGTGACATTTCT
GGCCTTAAACCCGGACCACATGGTTTCCATGTTCATGCGCTTGGTGACACAACCAATGGATGCATGTCAACCGGTCCTCACTACAATCCTCATGGAAAGGAGCATGGTGCCCCTGATGAC
GAGATTCGCCATGCTGGCGATCTTGGCAATGTCACAGTAGGCGAAGATGGTACTGCAAAGTTCACCATTGTTGATAAGCAGATTCCACTAATTGGAGGTCAATCCATCATTGGAAGAGCT
GTGGTTGTCCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAAGGGAGGGCATGAGCTAAGCAAAAGCACTGGAAATGCTGGTGGAAGAGTTGCATGTGGTATCATTGGATTGCAGGGT

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
GTCTCTACGT ACTTTACACG CACCAATAAT AGTACGCGTC TAACATAAAC TCGCGCGTGT CCTGATGGGG TTAGGTAGTA GACTTTCAGG TCGGTCTTAA ATGGTGACCT TTGCTATATG  TATGTATCTA TATCTATATA TCAATCAATC GGCGTGCCCT AATTTCTCGA CTACTCACTC ACACACACAC ACACACAATC TTTGCAGGGG TGTTCTGAGA TCACATACAA AAATGGTGAA  GGCAGTCACA GTTCTTAACA GCAGTGAAGG TGTTAGTGGC ACCATTTTCT TCACTCAAGA GGCAGAAGGT GCTCCCACAA CTGTTACTGG TGACATTTCT GGCCTTAAAC CCGGACCACA  TGGTTTCCAT GTTCATGCGC TTGGTGACAC AACCAATGGA TGCATGTCAA CCGGTCCTCA CTACAATCCT CATGGAAAGG AGCATGGTGC CCCTGATGAC GAGATTCGCC ATGCTGGCGA  TCTTGGCAAT GTCACAGTAG GCGAAGATGG TACTGCAAAG TTCACCATTG TTGATAAGCA GATTCCACTA ATTGGAGGTC AATCCATCAT TGGAAGAGCT GTGGTTGTCC ATGCTGATCC  TGATGATCTT GGAAAGGGAG GGCATGAGCT AAGCAAAAGC ACTGGAAATG CTGGTGGAAG AGTTGCATGT GGTATCATTG GATTGCAGGG TTGATTATGC CAAATGGAAT CTGTGGTTTA  TGTTGGTCAA TAAAAGTAGT CTTGATGCTG CTTGATTATG TTTTGAGTGT ATGTTTTTTT TTTTAAAAAA AAGCTATGTT TGGCTCTTGA CATGAACACT TATTTTTAGA AAAATGGGTT  GCGTGTTTGT TTGAGAACTA TGTGAGTTTT TTATCTTGAC TTCTTTTATT AGGTAACGGG TAAAAAGTGG CACAAGTGTT TGTATGTGTA TACACAATTA TATATGTGTG TTTACCATAG  TGGCCCCGGA TATAACCCAA AAAATTAGGG GTGTCCCTAA AAAAATTGGT TAGTGTCTCA GCAAGTCAGT AATCAGTTTT TCCGGGAGTC ATTGGCCGCT TATTACTTGT ATAAATGTGG 
GCTTATTACT ATTAATTAAA TAATTATATA GATGTTAGTT AGATAGTTAA 

Retrieve as FASTA