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Entry information : HaCSD02 (HanXRQChr08g0227691)
Entry ID 13747
Creation 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-11-23 (Catherine Mathe (Scipio))
Peroxidase information: HaCSD02 (HanXRQChr08g0227691)
Name (synonym) HaCSD02 (HanXRQChr08g0227691)
Class Cu/Zn SOD    [Orthogroup: CSD001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Asteraceae Helianthus
Organism Helianthus annuus (Sunflower)    [TaxId: 4232 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value HaCSD02
start..stop		 S start..stop
HaCSD01 306 1.81e-107 74..232 39..197
LeCSD01 266 2.4e-92 80..232 1..152
AtrCSD02 266 7.64e-92 53..232 2..176
ThasCSD01 256 3.36e-88 80..232 1..152
Gene structure Fichierperl './assets/cgi-bin/draw_exon.pl' '13747' 'complement(join(90913851..90913870,90914690..90914743,90915486..90915561,90915652..90915683,90915772..90915867,90915959..90916063,90916153..90916241,90917673..90917723,90917858..90918030))' Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 90917858..90918030 171 N° 2 90917673..90917723 49 N° 3 90916153..90916241 87 N° 4 90915959..90916063 103
N° 5 90915772..90915867 94 N° 6 90915652..90915683 30 N° 7 90915486..90915561 74 N° 8 90914690..90914743 52
N° 9 90913851..90913870 18  
complement(join(90913851..90913870,90914690..90914743,90915486..90915561,9091565 2..90915683,90915772..90915867,90915959..90916063,90916153..90916241,90917673..9 0917723,90917858..90918030))


exon

Literature and cross-references HaCSD02 (HanXRQChr08g0227691)
DNA ref. HanXRQ genome:   HanXRQChr08 (90918030..90913851)
Protein sequence: HaCSD02 (HanXRQChr08g0227691)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   232 (316)
PWM (Da):   %s   24285.39 (34918.5) Transmb domain:   %s   o10-32i53-72o
PI (pH):   %s   6.75 (7.78) Peptide Signal:   %s   cut: 19 range:19-334
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MNRGECEVGRWHILIGKSLTATSIIIILLSIYNNNRRALSINQLL
IHTHHQSICFAGVLIFVISVLYTTDFVEIRSHTNMVKAVAVLSSSEGVSGTIFFNQEAGAPTTVTGDLSGLKPGPHGFHVHALGDTTNGCMSTGPHYNPHGKEHGAPDDEVRHAGDLGNVTVGEDGTAKFTI
VDKQIPLIGAQSIVGRAVVVHADADDLGGGHELSKSTGNAGGRVACGIIGLQ

Retrieve as FASTA  
Remarks
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGAATAGAGGTGAATGTGAGGTAGGTAGGTGGCATATTTTAATAGGTAAGTCTTTAACGGCGACCTCTATTATTATTATTTTATTATCTATATATAACAACAATCGCCGTGCCCTATCA
ATCAATCAGCTGCTCATTCACACACATCATCAGTCGATTTGCTTTGCAGGGGTGTTCTGAGGTCAATTCGAATCATCTTTTCTTAATTTTCTTGTATATTTCTATACCTATGTTTCATCT
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TTAAATTGTTTAGTTACTTTTATCACAACTTTATGAAATATTGGATTTTAATAATCCCAACTATTAATTGGCCGTCCCAACTTCAAAAATAACCACTTGCAGCCCAACTATTGACAGAAT
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CTAATACTTGAAAAGCTCTATCTTGGTTGTAAGAATTTAACATTTGGGCCAATCATCAAGGAGTTCTGCACTCGTATAAGATATTGACTTGGTTCAAAAAAGACGAACCTGAGGAAAATG
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TGATGGTAGGTGTCCTCACTACAATCCTCATGGAAAGGAGCATGGTGCCCCCGATGATGAGGTTCGCCATGCCGGTGATCTTGGGAATGTCACCGTAGGCGAAGATGGTATACTTTACAT
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ACTTCCTTGCAGGATTTCATGCAATCGAATTTAATTACGCATTTGATGTAATAAATCTGAAATATGCCAACATGTGTAGATATTCCACTGATTGGAGCTCAATCCATCGTTGGGAGGGCA
GTAGTTGTTCATGCTGATGCTGACGATCTTGGAAAGGGTAAACTTCAACTTTTTGTTTTTCATAATTAAACACATGTGTATATATTTGTATGTATATGTGTGTTATTGATTCTAAAACAC
TGGGTTTAGATGAGAGACGTCTAATTTATGTACTTTTACCCTTGGTTTAAAAAAGCGCGCTTAAGCACAAAGCGACCCTAGGCGCAAAGAGTTGCGCCTTGTGTGACATAAAGCGAGCTC
TGTACAAAAAGCGCACAAAAAACGAGCTTTTTTGGAAAAAAATCCCACTGAGGCGCGTGCTTTTTGTACAGAAGGTGTTTTTGTGCTTTAAAGTGTTACACATGCAGCTAAAATGGTTGT
ACATTATATGATTTATACATTAAATCATATATAAACCTTATTTATTACTATATTTTGGGTAAGGGATGCTAAAAGCCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT
ATATAAGCACCTTGGGCCTCACGTACGAAAAGCCCACCGCTTTTGCGATTTGCGCTTCACGCTTTGATTTTAGACCTTGTCGCTTTTGTGCGCTTCACGCTTTTTTAAACCAAGCTTTTA
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GTCCATTGTATGTTTTGTTATTACAAAATCTAATCTATTTGAACTCTTTTATCTTTCAGGAGAGGCCATGAGCTCAGCAAAAGCACAGGAAATGCTGGTGGAAGAGTTGCATGCGGTAAG
CTTCTCTCGTTTATTTTTTTTTAATTGTTTTCGTGTTTAAGAGGCAACCTTGCAAGTCCAATGAGAACTTGGAAGAATTGTAAAGGAAAGGAAACTGAAAGATCACACTTCTAAACCGGT
TTTGATGAAAGTTATGGGCCCAACTCCACAATCGCCAACTACAGTTTTGGAAACAAAAAACCAAAACGGTTGGGTCAGATGGTTTGAACCGTTTTCTAATGATTAGTATTTCAAAATTGT
TAGTTTGCATTAAAGTTGTAAAATAATACATATAAATAACTGCATAGGGTTTGGTTCAATGGGGAACCGGGGAACCACTAATTTTACATGTAAAACAAATCATTAAAAAATCATTTTTAC
ATAGTTTCTTTGGAGCTTTTTCATAGAAGCCATTCAAATAAAAAACATTTTTACATAATTTCTTAGGAGCTGTTTTTGAACTGTTTTTTATACTATTTTTTATTTTACAAATTTTTTTTT
ATTAAAACAGCTTCTACATGTGTTTATATGCAAAAGATTAGCATAAAATTAATTTTTTACCCATAAAAATGAATTTTTGAGTTTTTTTTACATGGTTCCCTAGTTTCCCACTTTTTTGTG
GTTCCCTATTGAACCTCACACTAACTGCATATTCTAATAAATAATAAAGTTCCAAACAACAACTCATTAAGCCATCAAAACCAAGCGGTATAAATCTCAAACCTGCCGACTTGCTTTGGT
GTAAGTGGTTCGGACGGTTTCAACTGTTTATGAACTCAAATGAGCGTGTAATCACCGATGGAGTTTCTTACATAGATGTTGGTGGTGTTTGTAGGTGTATCATTGGATTGCAGGGT

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGAATAGAGGTGAATGTGAGGTAGGTAGGTGGCATATTTTAATAGGTAAGTCTTTAACGGCGACCTCTATTATTATTATTTTATTATCTATATATAACAACAATCGCCGTGCCCTATCA
ATCAATCAGCTGCTCATTCACACACATCATCAGTCGATTTGCTTTGCAGGGGTTTTGATCTTCGTAATCTCCGTTTTATACACAACTGATTTTGTGGAGATCAGATCACATACAAACATG
GTGAAGGCGGTTGCGGTTCTTAGCAGCAGTGAGGGTGTTAGCGGCACCATCTTCTTCAATCAAGAGGCAGAAGGTGCTCCCACTACCGTTACCGGAGACCTTTCTGGCCTCAAACCTGGA
CCTCATGGTTTCCATGTTCATGCACTTGGTGACACAACCAATGGGTGCATGTCAACTGGTCCTCACTACAATCCTCATGGAAAGGAGCATGGTGCCCCCGATGATGAGGTTCGCCATGCC
GGTGATCTTGGGAATGTCACCGTAGGCGAAGATGGTACTGCAAAATTCACCATTGTTGATAAGCAGATTCCACTGATTGGAGCTCAATCCATCGTTGGGAGGGCAGTAGTTGTTCATGCT
GATGCTGACGATCTTGGAAAGGGAGGCCATGAGCTCAGCAAAAGCACAGGAAATGCTGGTGGAAGAGTTGCATGCGGTATCATTGGATTGCAGGGT

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGAATAGAG GTGAATGTGA GGTAGGTAGG TGGCATATTT TAATAGGTAA GTCTTTAACG GCGACCTCTA TTATTATTAT TTTATTATCT ATATATAACA ACAATCGCCG TGCCCTATCA  ATCAATCAGC TGCTCATTCA CACACATCAT CAGTCGATTT GCTTTGCAGG GGTTTTGATC TTCGTAATCT CCGTTTTATA CACAACTGAT TTTGTGGAGA TCAGATCACA TACAAACATG  GTGAAGGCGG TTGCGGTTCT TAGCAGCAGT GAGGGTGTTA GCGGCACCAT CTTCTTCAAT CAAGAGGCAG AAGGTGCTCC CACTACCGTT ACCGGAGACC TTTCTGGCCT CAAACCTGGA  CCTCATGGTT TCCATGTTCA TGCACTTGGT GACACAACCA ATGGGTGCAT GTCAACTGGT CCTCACTACA ATCCTCATGG AAAGGAGCAT GGTGCCCCCG ATGATGAGGT TCGCCATGCC  GGTGATCTTG GGAATGTCAC CGTAGGCGAA GATGGTACTG CAAAATTCAC CATTGTTGAT AAGCAGATTC CACTGATTGG AGCTCAATCC ATCGTTGGGA GGGCAGTAGT TGTTCATGCT  GATGCTGACG ATCTTGGAAA GGGAGGCCAT GAGCTCAGCA AAAGCACAGG AAATGCTGGT GGAAGAGTTG CATGCGGTAT CATTGGATTG CAGGGTTGAT CATATGCCAG GAAATAATCT  GACTTCGACT ATCCTCAAGT GTTGGTATTA CTTCGTTTAA TAAACCGATG CTCTGTGTTA GTTGAATACT CCGATGATAT TTCGAGTTGA GACGTGTTTT GTGCAATGAC GAATACTTTG  GGCTTTTGAA TCTGTAGACC AACTTTATAA TAAAAATAAA TCACTTTTTT AAAAAATATT TTGTTTGAAG GGTTCTGGCC AAAAGCAGGT AAATATGTTG CATCTTCACC ATGCTTTTCT 
AGCTATGTTA AATTCAAGGT GATTCGTAGA AGATAATAAG GAGTTGTTGC TTGACAACTT GGTGGTAAAA CCAATATTTT GCTCGTATTT TGATTTGTTG AGTTGCATGA TA 

Retrieve as FASTA