1. Browse the Database
  2. View Redoxidase
Entry information : PtaPrx20(PTA00078964)
Entry ID 2056
Creation 2007-09-05 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2007-09-05 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2020-12-28 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: PtaPrx20(PTA00078964)
Name PtaPrx20(PTA00078964)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx029]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Pinaceae Pinus
Organism Pinus taeda (loblolly pine)    [TaxId: 3352 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type Roots
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value PtaPrx20
start..stop		 S start..stop
PabPrx84 586 0 1..325 1..325
PtaPrx33 524 0 7..325 1..319
PabPrx137 500 1.19e-180 1..313 1..313
GbPrx59 450 1.43e-160 5..325 11..328
Literature and cross-references PtaPrx20(PTA00078964)
Literature Pratt,L. et al., An EST database from well-watered loblolly pine (Pinus taeda) roots, unpublished.
EST ref. GenBank:   CF474883  CO167806.1 [3' end]
Cluster/Prediction ref. UniGene:   Pta.12345  Pta.16405
Protein sequence: PtaPrx20(PTA00078964)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   325 (302)
PWM (Da):   %s   34821.32 (32336.0)  
PI (pH):   %s   6.25 (5.31) Peptide Signal:   %s   cut: 24 range:24-325
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
*.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MSNRSLMFVS SLVLSFCAVT IKAQLTATFY QSSCPNVSTI VRGVVQKGII SETRMAASLL RLHFHDCFVN GCDGSILLDD NATFTGEKTA GPNNNSVRGF EVIDAAKAAL ENACSQTVSC  ADIVAIAARD SVFLSGGPFW KVLLGRRDST TANQTGANVG LPAPFDPVTT IIQKFTNVGL SATDVVPLSG GHTIGRARCT TFNNRLFDFN TTGSPDSTID PTFLSDLQTL CPVTGDNNTL 
AALDRKSKDW FDNNYFKELK NNSGLLQSDQ ELYATDASTK SLVDTYISSQ STFFQDFVTS MIRMGNISPL TGTAGQIRTN CRVVN 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (incorrect prediction, exon 2 is not predicted) and 7 + 3 ESTs (two unigenes)
DNA ►
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGAGTAACA GATCGTTGAT GTTTGTGAGC TCTCTGGTAT TGAGCTTCTG TGCAGTTACA ATCAAGGCTC AGTTGACGGC TACTTTCTAT CAGAGTTCAT GTCCAAACGT CTCTACTATT  GTGCGAGGGG TTGTCCAGAA AGGAATAATT AGTGAAACAC GAATGGCCGC CTCTCTTCTC CGACTGCACT TCCATGATTG CTTCGTCAAC GTAAGTCTGT ATTTTGTTTC TGGGTAAAGA  GAGCAGCGAC TTGTTGCTTT TCTTCGAATT TTCGGATATT TTTGGAATAG GTATCTTTAT GTCGATTGTA GATTTTGGTA GTAGAGTAGA CAAAGATCTC ATAATCTGAT TAGAGGTTAA  TTGTTCGGAA CCAATATTTA ACAGGCATAG GCTTATTAAT GCCTGCCCAC TTTAACCGGC AAAGGTCCAT TAATGCCTGC TCACTGTTAA ATTTAAATAA GTACTAAATC TGAGGGTGGG  AATATACAAC TTAGACTAGG AAATATGTAT GCCTTTCATT ATTAGAGGGG ACAAACAATT AAGACTATAC ATATTTCTGG GTCTATAGGC TTATTAATGA AGTAAGGTTG TATAAAAGTA  AGGTTGTATA GGTTTATAGT TAGATTTAGT ATTTGTTTAA ATTTAATAGT GGGATATACA AGTATTAAAT TTAATGGTGG GTATATATAA TCTGATGGCA TTAATGAGTT TATAAACTAT  GAAATATGTA TTTATAGGCT CGTGAATGGG GTATGGTTGT ATATGCCCAC AATTAGATTT AGTATTTGTT TAAATCTAAC AATGAATAGA TATAGCCCCA CAGCTTTAAT AGTCCTATAT  CTTATTAAAT ATTGGTTGCT CTCAATATAC CCATAGTCTC ATATTTATAT AAATTTATTA CAATTAGATT TTTTTAGTTA ATAATCATTT TTCTCTTATT CTTTTTACTA ATCACATATA  AAAGTGAAAG CCAACTAAAA ATAATTTAAT ATTTAATAnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnAA ATTTAATTTG ATACAAAATT ATCTGATATT TGATTAATTT TGATAATATT TTTATATAAT  TTAATAATCT TAAAAGTTGT GAATAGCTGA GGTAGCAAAT TAGCCTAGAC TCAAAAAATT TTCAAAAAAT CTAACAGTAA AGTGTCTTAA TCATGTATGT TTTAGATGGT GGAAATAGAT  TTCAGTACCA TCAAAAACTC TTGGAACATC TAAAATCTTG AAATTTAACA GTTGTAAACT GGATTTACAA ACATAGTGTC CGAAATCATG TATGTTTTAG ATAGTAGAAA TGGATTCAGT  ACCATCAAAA ACTCTTAGAA CATTTAAAAC CTTGAAATTT CACAGTTATA AATTAAATTT ACAAACACTA ATTTACAAAC ACTTCGGTTA GATTTTATTG CCAAAATTCT ATAATTTTTA  AATCTAATTA AATTACAATT TCTTAAATCA TTAAACATTT AAAAATATAA ACTTAGTAAC GTGTTTCTAA AACTATATAC ATATATATAT ACCCAAAAAC CCTACATTAC ACTCCTTTAC  GAATCTTGCC GTCGTTTGCA ATGAGATGCA GGGCTGCGAT GGGTCAATTC TGCTGGATGA TAATGCTACA TTTACGGGAG AAAAGACAGC CGGCCCTAAT AATAATTCAG TACGAGGATT  TGAGGTGATA GACGCCGCTA AAGCAGCTTT GGAAAACGCA TGCTCCCAGA CCGTGTCCTG CGCTGATATC GTCGCTATTG CAGCTCGCGA CTCTGTGTTT CTAGTATGTA CAAATTTCAT  TACCATTTCT CCGCCACATA TACATATTTC CTGTATAAAA ATCCTCAACC TTTCATTTTT ACCTGCAGAG CGGAGGACCA TTCTGGAAAG TTCTGCTAGG GAGAAGGGAT AGCACAACTG  CCAACCAGAC TGGGGCGAAC GTGGGCCTTC CAGCACCCTT TGACCCAGTC ACGACAATTA TCCAGAAATT TACAAATGTC GGCCTCAGCG CTACAGATGT TGTGCCCCTC TCAGGTGAAC  ATTTAATGTG GTAATTGGTG TGTAGGGTAA TTTGATTACA GATTTTAGAA TATCTAGAAA ATATGATATA TCTCTTAGTG TTATTTATGT TTTGTTTTTT TCATCTATTA AATAACTGAT  TTGTAAGGTA ATTTGATGGT AGATTTTAGA ATATTTAGGA AATTTGATGC TAGTGAGGGG AGGGAAGAAG TAACTGAGCT CGCAAGGAAT AAGGCCAGCA GATAGGGTTT TTAGTTGATT  TTTTGGAAAG TTTTTTGTTT TCTTTTTTAT TTAATTTGTC TAGAATTTAG TAGGATTCAC TGAAATCACA AGTTTGATAA GTGAATTCTT CACAATAGAG GATTCACTGA AATCACAAGT  TTGATAAGTG AATTCTTCAC TATCGAAATG CTCCAAATAT TTTTGAAAAT GCTGAATCAA TATATGCAAT CGAAAAACCA GTTTAAACTC AACATACAAT TTTTGGACAG ATTTCCGCAA  AAAATTAACA AAAAAACTCT AAAAATCTCA CTTAAAAGAC TACTCCAAAC ATTTGTTCAT TAGATTTTCA AAAGTTAAAA TATTTAAAAA TATGTACAAC AGTGAAGTTA AATAGTTATT  TTAACCTGTG TTCATCAAAT TTCCAGTGTT TTGAAATATG CGATCCACAT AAGAATGACA TTAACTAACT CATTTTTGAA AATATTATGA AATCAAATAT AGAAAAGTGA TAGAAAATTT  CGACATCACT TTTATTTATT CAATTTTAAA TATTCTTTGA ATCTACAAAA TAAAAATACT AATTGGATCT TTCATTTTTA TTTTTATGTA CACTTATCCC TGCCATAATT ATATAATAAT  ATTGCAGGAG GTCACACAAT TGGGCGCGCC CGATGCACCA CATTCAATAA CCGCTTATTC GATTTCAATA CTACCGGTAG CCCAGACTCG ACCATTGATC CGACGTTCCT CTCCGATCTT  CAAACCCTCT GCCCAGTAAC AGGAGATAAC AATACGCTGG CAGCTCTTGA TAGAAAGTCG AAGGACTGGT TCGACAACAA CTATTTCAAG GAGTTGAAGA ATAATAGTGG GCTTCTACAG  TCTGATCAAG AACTTTATGC CACCGATGCT TCAACCAAGT CTCTCGTAGA CACTTACATC AGCAGTCAAA GTACCTTCTT TCAGGATTTT GTTACATCCA TGATAAGGAT GGGTAATATT 
AGCCCGCTCA CTGGCACTGC TGGTCAGATT CGTACAAACT GCAGAGTTGT AAATTAA 

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGAGTAACA GATCGTTGAT GTTTGTGAGC TCTCTGGTAT TGAGCTTCTG TGCAGTTACA ATCAAGGCTC AGTTGACGGC TACTTTCTAT CAGAGTTCAT GTCCAAACGT CTCTACTATT  GTGCGAGGGG TTGTCCAGAA AGGAATAATT AGTGAAACAC GAATGGCCGC CTCTCTTCTC CGACTGCACT TCCATGATTG CTTCGTCAAC GGCTGCGATG GGTCAATTCT GCTGGATGAT  AATGCTACAT TTACGGGAGA AAAGACAGCC GGCCCTAATA ATAATTCAGT ACGAGGATTT GAGGTGATAG ACGCCGCTAA AGCAGCTTTG GAAAACGCAT GCTCCCAGAC CGTGTCCTGC  GCTGATATCG TCGCTATTGC AGCTCGCGAC TCTGTGTTTC TAAGCGGAGG ACCATTCTGG AAAGTTCTGC TAGGGAGAAG GGATAGCACA ACTGCCAACC AGACTGGGGC GAACGTGGGC  CTTCCAGCAC CCTTTGACCC AGTCACGACA ATTATCCAGA AATTTACAAA TGTCGGCCTC AGCGCTACAG ATGTTGTGCC CCTCTCAGGA GGTCACACAA TTGGGCGCGC CCGATGCACC  ACATTCAATA ACCGCTTATT CGATTTCAAT ACTACCGGTA GCCCAGACTC GACCATTGAT CCGACGTTCC TCTCCGATCT TCAAACCCTC TGCCCAGTAA CAGGAGATAA CAATACGCTG  GCAGCTCTTG ATAGAAAGTC GAAGGACTGG TTCGACAACA ACTATTTCAA GGAGTTGAAG AATAATAGTG GGCTTCTACA GTCTGATCAA GAACTTTATG CCACCGATGC TTCAACCAAG  TCTCTCGTAG ACACTTACAT CAGCAGTCAA AGTACCTTCT TTCAGGATTT TGTTACATCC ATGATAAGGA TGGGTAATAT TAGCCCGCTC ACTGGCACTG CTGGTCAGAT TCGTACAAAC 
TGCAGAGTTG TAAATTAA 

Retrieve as FASTA