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Entry information : PtroPGHS02
Entry ID 5940
Creation 2007-10-26 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2010-11-23 (Myriam Duval (Scipio))
Sequence status complete
Reviewer Christophe Dunand
Last annotation changes 2010-12-21 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: PtroPGHS02
Name PtroPGHS02
Class H synthase    [Orthogroup: PGHS001]
Taxonomy Eukaryota Metazoa Chordata Mammalia Hominidae Pan
Organism Pan troglodytes (chimpanzee)    [TaxId: 9598 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value PtroPGHS02
start..stop		 S start..stop
HsPGHS02 1264 0 137..740 1..604
CfaPGHS02 1165 0 137..740 1..604
OcuPGHS02 1141 0 151..740 15..604
SscPGHS02 1137 0 148..740 12..604
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 166431007..166431276 268 N° 2 166430542..166430731 188 N° 3 166429625..166429741 115 N° 4 166429361..166429504 142
N° 5 166428563..166428706 142 N° 6 166427952..166428133 180 N° 7 166427136..166427219 82 N° 8 166426776..166427022 245
N° 9 166426207..166426493 285 N° 10 166425558..166425705 146 N° 11 166424665..166425074 408  
complement(join(166424665..166425074,166425558..166425705,166426207..166426493,1 66426776..166427022,166427136..166427219,166427952..166428133,166428563..1664287 06,166429361..166429504,166429625..166429741,166430542..166430731,166431007..166 431276))


exon

Literature and cross-references PtroPGHS02
Literature Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome. Nature 437 (7055), 69-87 (2005).
DNA ref. GenBank:   NC_006468.2 (166431276..166424665)
mRNA ref. GenBank:   XM_524999.2
EST ref. GenBank:   DC525522.1 [5' end]
Protein sequence: PtroPGHS02
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   740 (325)
PWM (Da):   %s   83509.34 (36042.1) Transmb domain:   %s   i12-30o
PI (pH):   %s   8.86 (7.74) Peptide Signal:   %s   cut: 28 range:28-352
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MSAFLNLTRPSLSRRDFLDPLKTYRPDTAAAAGEGIPCAPGPQGG
SDSGRGSQVSFCPPPVSHPRRSVQNWLSEALGQRLRGRKDIWRKPRPVVRRLAVSVRSTSRNSSAAPPSAPQPDALRQQSLPPRRALPAAAMLARALLLCAVLALSHTANPCCSHPCQNRGVCMSVGFDQYKCDCTRTGFYGENCSTPEFLTRIKLFLKPTPNTV
HYILTHFKGFWNVVNNIPFLRNAIMSYVLTSRSHLIDSPPTYNADYGYKSWEAFSNLSYYTRALPPVPDDCPTPLGVKGKKQLPDSNEIVEKLLLRRKFIPDPQGSNMMFAFFAQHFTHQ
FFKTDHKRGPAFTNGLGHVDLNHIYGETLARQHKLRLFKDGKMKYQIIDGEMYPPTVKDTQAEMIYPPQVPEHLRFAVGQEFFGLVPGLMMYATIWLREHNRVCDVLKQEHPEWGDEQLF
QTSRLILIGETIKIVIEDYVQHLSGYHFKLKFDPELLFNKQFQYQNRIAAEFNTLYHWHPLLPDTFQIHDQKYNYQQFIYNNSILLEHGITQFVESFTRQIAGVAGGRNVPPAVQKVSQA
SIDQSRQMKYQSFNEYRKRFMLKPYESFEELTGEKEMSAELEALYGDIDAVELYPALLVEKPRPDAIFGETMVEVGAPFSLKGLMGNVICSPAYWKPSTFGGEVGFQIINTASIQSLICN
NVKGCPFTSFSVPDPELIKTVTINASSSRSGLDDINPTVLLKERSTEL

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 1, 10 introns) and 1 EST. Isolate="Yerkes chimp pedigree #C0471 (Clint)".
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGTCAGCCTTTCTTAACCTTACTCGCCCCAGTCTGTCCCGACGTGACTTCCTCGACCCTCTAAAGACGTACAGACCAGACACAGCGGCGGCGGCGGGAGAGGGGATTCCCTGCGCCCCC
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AAGAAGTTGTTTTAAATACTCTAGTCAGTTCTTTCCTGCTCCCAGGAAAGCCCAGATTATGTTTTAAGATAAGCAAAATGTCTTAAAAGTAAGCTGTTTTACTTTGAATTTTTCCCTAAA
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GAGGTAGTATGGTCCAGCTGTTTATTGAATGCCCATGGGCCACAGAATTGTTCTGAACATGTAGCACCCATTAAAATAAATCTGGATTTGGATCAGCAAGAAAATAACTTTCCATGATTC
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ATGTATTTCAAGTGGCCGTTAGACTATAAAGTGTAGTTGTTTTAAAATAGATTTTTCTTATTTTTGGAGTTAAATTCAACTTCTAGTGCCACTTTCCACATTTTACAATAAAAATAATGG
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TTCCACCATATCTTAGAACTGTTGTTTATATTATGATCCTATTCACAATTGTAATTCTCATATAAATGAAGAATTCTTGGTATATTGACAGTCACCATCTCCTTTCTTGAATACATAGAT
GGATTCTTATCTTAGCTTTCTCATTTTTCAGGTGTAAAAAGCAGCTTCCTGATTCAAATGAGATTGTGGAAAAATTACTTCTAAGAAGAAAGTTCATCCCTGATCCCCAGGGCTCAAACA
TGATGTTTGCATTCTTTGCCCAGCACTTCACGCATCAGTTTTTCAAGACAGATCATAAGCGAGGGCCAGCTTTCACCAACGGGCTGGGCCATGGGGTAAGATAGAGTTAATATCTTAGAG
TTAGTAAAATTATACCAAATCATAGTCAAGGGCTAACATTAAAGGAGATATACCGATAGATAGACCCAAATAACTTATCCACTTTTTTAAAAAAGAAGCCTTATCTATAAAAACCTTAAA
GGAATTTTCCATTTACGTCACTGGTCTAGTAAAATTATACACACACACAGACATGCACACACATATATAAACATTCACACACATACATATGTACAGGTATTGTTATTTGTAATTTGACCC
CTGTATTTTTTAGTTTAAAATGTTAGTACTGCAAAATGTTATGTCCTCAAAAACACATTGTATCATGATTATGCTGCTTTCAATATTGTAAAGTGAGGTTTTTGCCGCATTATTATTTTT
TGGATTTCAATAGCATAGCTTCAAGTTATTCGCAAGAATTTTTTATAAATAATACATTTTTATACTTTTTTAGAATTACCATATCATCATAGTGAAGTATATAATATATATGATATAAGC
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ATATTTTAAAATCCCTAAAAATGTGTTCCTTAACTTTTTAACTGTTTATTATTATTTTTTTTTTAGATATAATTGATGGAGAGATGTATCCTCCCACAGTCAAAGATACTCAGGCAGAGA
TGATCTACCCTCCTCAAGTCCCTGAGCATCTACGGTTTGCTGTGGGGCAGGAGTTCTTTGGTCTGGTGCCTGGTCTGATGATGTATGCCACAATCTGGCTGCGGGAACACAACAGAGTAT
GCGATGTGCTTAAACAGGAGCATCCTGAATGGGGTGATGAGCAGTTGTTCCAGACAAGCAGGCTAATACTGATAGGTAAAAAAGAAAATGATTTATATAAAACCCTCTTCCCCAGGGAAA
ATTAGTGTGCTATCTTTGTTATGTTTTGAGTAAATGACAAGATATGGTAAATGAAAACTCACACATTCTATATACATTAAATATGTAAGCATGACTGATCATATAGCTATCTTTTGATAC
TTACAAGGAAGAAAACAGAAATGAAGGAATAGCAAATTTTAAAAATTGCATTCCAATTGCTTGAAAGCTTGTGATCAGATGCAATAAATGTTTTTATTATTTATTTTGTGCAAATAGGAG
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TGCTGAATTTAACACCCTCTATCACTGGCATCCCCTTCTGCCTGACACCTTTCAAATTCATGACCAGAAATACAACTATCAACAGTTTATCTACAACAACTCTATATTACTGGAACATGG
AATTACCCAGTTTGTTGAATCATTCACCAGGCAAATTGCTGGCAGGGTAAGCATTATTATTGAAAACCAAAACAAAAGACTAGTCAGTAACTTTAGAATTTCTGCCACGGAAATTATTTT
TCTTAAACTTACTAAAAGAGTAGTTAGTTATATTGCTAGTAAAATTATTTTATTGATATAAGAAGCCTAACTTTGTTTGAAAAGTCTAAACTTTTAGTCTAGTCTACAGTTGTCAGACAA
ATAGCAAATTGTACCCCTACCTTAAAAATATTTTCAAAAAGTATCTATAATCTTATAGGAATAAATATTTTAGGCTTGAATACTAGTGTTATTTTTGAAATGTAAAAAGGCAAATTAGTT
CTAGGCTGGTGTCCCATTGAATTTTAAGCAGAGCTCCTGTTGAAATGTAGGTAAGCATCTTTCCAGCAAATAAAAATTGTCTCCGCTGGGAGTTTCAGTTTTACCTGATTTGTACCTAAG
GCAAGCTGAATACAAACAGTAAATATGCCTAAAATTCTTGTTTTACAACTAATTTTACTTTCCACAGGTGTTGCTGGTGGTAGGAATGTTCCACCCGCAGTACAGAAAGTATCACAGGCT
TCCATTGACCAGAGCAGGCAGATGAAATACCAGTCTTTTAATGAGTACCGCAAACGCTTTATGCTGAAGCCCTATGAATCATTTGAAGAACTTACAGGTAAGAAACAGTTTCTAAACTTC
TTCGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTGTTTTTGGTTTTCTTTTTGAGATGGAGCCGCCCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCC
TCCTGGGTTCAAGCAATTCTGCCTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCACGTCGCACGCATGGATAATTTTTTGTATTTTCAGTATAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGTCAGA
CTGGTCTCAAACTCCTGACCTAGTGATCCGCCGGCTTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCCCTAAACTTCTTAAAAGAATCAGGGGTCAAATGG
AAACAGAGAAGTTGGCAGCAAATTGAGCAAAAGAATCAAACTGTTTTTTATTTTGTGAAGTTTGACATTGGTTGTATCTCTGTCTTCATCGCCTTCACAGGAGAGAAAAGGAAATGTCTG
CAGAGTTGGAAGCACTCTATGGTGACATCGATGCTGTGGAGCTGTATCCTGCCCTTCTGGTAGAAAAGCCTCGGCCAGATGCCATCTTTGGTGAGACCATGGTAGAAGTTGGAGCACCAT
TCTCCTTGAAAGGACTTATGGGTAATGTTATATGTTCTCCTGCCTACTGGAAGCCAAGCACTTTTGGTGGAGAAGTGGGTTTTCAAATCATCAACACTGCCTCAATTCAGTCTCTCATCT
GCAATAACGTGAAGGGCTGTCCCTTTACTTCATTCAGTGTTCCAGATCCAGAGCTCATCAAAACAGTCACCATCAATGCAAGTTCTTCCCGCTCCGGACTAGATGATATCAATCCCACAG
TACTACTAAAAGAACGTTCGACTGAACTGTAG

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGTCAGCCTTTCTTAACCTTACTCGCCCCAGTCTGTCCCGACGTGACTTCCTCGACCCTCTAAAGACGTACAGACCAGACACAGCGGCGGCGGCGGGAGAGGGGATTCCCTGCGCCCCC
GGACCTCAGGGCGGCTCAGATTCCGGGAGAGGAAGCCAAGTGTCCTTCTGCCCTCCCCCGGTATCCCATCCAAGGCGATCAGTCCAGAACTGGCTCTCGGAAGCGCTCGGGCAAAGACTG
CGAGGAAGAAAAGACATCTGGCGGAAACCTCGACCAGTTGTCAGACGACTTGCAGTGAGCGTCAGGAGCACGTCCAGGAACTCCTCAGCAGCGCCTCCTTCAGCTCCACAGCCAGACGCC
CTCAGACAGCAAAGCCTACCCCCGCGCCGCGCCCTGCCCGCCGCTGCGATGCTCGCCCGCGCCCTGCTGCTGTGCGCGGTCCTGGCGCTCAGCCATACAGCAAATCCTTGCTGTTCCCAC
CCATGTCAAAACCGAGGTGTATGTATGAGTGTGGGATTTGACCAGTATAAGTGCGATTGTACCCGGACAGGATTCTATGGAGAAAACTGCTCAACACCGGAATTTTTGACAAGAATAAAA
TTATTTCTGAAACCCACTCCAAACACAGTGCACTACATACTTACCCACTTCAAGGGATTTTGGAACGTTGTGAATAACATTCCCTTCCTTCGAAATGCAATTATGAGTTATGTGTTGACA
TCCAGATCACATTTGATTGACAGTCCACCAACTTACAATGCTGACTATGGCTACAAAAGCTGGGAAGCCTTCTCTAACCTCTCCTATTATACTAGAGCCCTTCCTCCTGTGCCTGATGAC
TGCCCGACTCCCTTGGGTGTCAAAGGTAAAAAGCAGCTTCCTGATTCAAATGAGATTGTGGAAAAATTACTTCTAAGAAGAAAGTTCATCCCTGATCCCCAGGGCTCAAACATGATGTTT
GCATTCTTTGCCCAGCACTTCACGCATCAGTTTTTCAAGACAGATCATAAGCGAGGGCCAGCTTTCACCAACGGGCTGGGCCATGGGGTGGACTTAAATCATATTTACGGTGAAACTCTG
GCTAGACAGCATAAACTGCGCCTTTTCAAGGATGGAAAAATGAAATATCAGATAATTGATGGAGAGATGTATCCTCCCACAGTCAAAGATACTCAGGCAGAGATGATCTACCCTCCTCAA
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CTGAAATTTGACCCAGAACTACTTTTCAACAAACAATTCCAGTATCAAAATCGTATTGCTGCTGAATTTAACACCCTCTATCACTGGCATCCCCTTCTGCCTGACACCTTTCAAATTCAT
GACCAGAAATACAACTATCAACAGTTTATCTACAACAACTCTATATTACTGGAACATGGAATTACCCAGTTTGTTGAATCATTCACCAGGCAAATTGCTGGCAGGGTTGCTGGTGGTAGG
AATGTTCCACCCGCAGTACAGAAAGTATCACAGGCTTCCATTGACCAGAGCAGGCAGATGAAATACCAGTCTTTTAATGAGTACCGCAAACGCTTTATGCTGAAGCCCTATGAATCATTT
GAAGAACTTACAGGAGAAAAGGAAATGTCTGCAGAGTTGGAAGCACTCTATGGTGACATCGATGCTGTGGAGCTGTATCCTGCCCTTCTGGTAGAAAAGCCTCGGCCAGATGCCATCTTT
GGTGAGACCATGGTAGAAGTTGGAGCACCATTCTCCTTGAAAGGACTTATGGGTAATGTTATATGTTCTCCTGCCTACTGGAAGCCAAGCACTTTTGGTGGAGAAGTGGGTTTTCAAATC
ATCAACACTGCCTCAATTCAGTCTCTCATCTGCAATAACGTGAAGGGCTGTCCCTTTACTTCATTCAGTGTTCCAGATCCAGAGCTCATCAAAACAGTCACCATCAATGCAAGTTCTTCC
CGCTCCGGACTAGATGATATCAATCCCACAGTACTACTAAAAGAACGTTCGACTGAACTGTAG

Retrieve as FASTA  
cDNA►
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.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGTCAGCCT TTCTTAACCT TACTCGCCCC AGTCTGTCCC GACGTGACTT CCTCGACCCT CTAAAGACGT ACAGACCAGA CACAGCGGCG GCGGCGGGAG AGGGGATTCC CTGCGCCCCC  GGACCTCAGG GCGGCTCAGA TTCCGGGAGA GGAAGCCAAG TGTCCTTCTG CCCTCCCCCG GTATCCCATC CAAGGCGATC AGTCCAGAAC TGGCTCTCGG AAGCGCTCGG GCAAAGACTG  CGAGGAAGAA AAGACATCTG GCGGAAACCT CGACCAGTTG TCAGACGACT TGCAGTGAGC GTCAGGAGCA CGTCCAGGAA CTCCTCAGCA GCGCCTCCTT CAGCTCCACA GCCAGACGCC  CTCAGACAGC AAAGCCTACC CCCGCGCCGC GCCCTGCCCG CCGCTGCGAT GCTCGCCCGC GCCCTGCTGC TGTGCGCGGT CCTGGCGCTC AGCCATACAG CAAATCCTTG CTGTTCCCAC  CCATGTCAAA ACCGAGGTGT ATGTATGAGT GTGGGATTTG ACCAGTATAA GTGCGATTGT ACCCGGACAG GATTCTATGG AGAAAACTGC TCAACACCGG AATTTTTGAC AAGAATAAAA  TTATTTCTGA AACCCACTCC AAACACAGTG CACTACATAC TTACCCACTT CAAGGGATTT TGGAACGTTG TGAATAACAT TCCCTTCCTT CGAAATGCAA TTATGAGTTA TGTGTTGACA  TCCAGATCAC ATTTGATTGA CAGTCCACCA ACTTACAATG CTGACTATGG CTACAAAAGC TGGGAAGCCT TCTCTAACCT CTCCTATTAT ACTAGAGCCC TTCCTCCTGT GCCTGATGAC  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AATGTTCCAC CCGCAGTACA GAAAGTATCA CAGGCTTCCA TTGACCAGAG CAGGCAGATG AAATACCAGT CTTTTAATGA GTACCGCAAA CGCTTTATGC TGAAGCCCTA TGAATCATTT  GAAGAACTTA CAGGAGAAAA GGAAATGTCT GCAGAGTTGG AAGCACTCTA TGGTGACATC GATGCTGTGG AGCTGTATCC TGCCCTTCTG GTAGAAAAGC CTCGGCCAGA TGCCATCTTT  GGTGAGACCA TGGTAGAAGT TGGAGCACCA TTCTCCTTGA AAGGACTTAT GGGTAATGTT ATATGTTCTC CTGCCTACTG GAAGCCAAGC ACTTTTGGTG GAGAAGTGGG TTTTCAAATC  ATCAACACTG CCTCAATTCA GTCTCTCATC TGCAATAACG TGAAGGGCTG TCCCTTTACT TCATTCAGTG TTCCAGATCC AGAGCTCATC AAAACAGTCA CCATCAATGC AAGTTCTTCC  CGCTCCGGAC TAGATGATAT CAATCCCACA GTACTACTAA AAGAACGTTC GACTGAACTG TAGAAGTCTA ATGATCATAT TTATTTATTT ATATGAACCA TGTCTATTAA TTTAATTATT  TAATAATATT TATATTAAAC TCCTTATGTT ACTTAACATC TTCTGTAACA GAAGTCAGTA CTCCTGTTGC GGAGAAAGGA GTCATACTTG TGAAGACTTT TATGTCACTA CTCTAAAGAT  TTTGCTGTTG CTGTTAAGTT TGGAAAACAG TTTTTATTCT GTTTTATAAA CCAGAGAGAA ATGAGTTTTG ACGTCTTTTT ACTTGAATTT CAACTTATAT TATAAGAACG AAAGTAAAGA  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